搭建适用于lammps中opls-aa力场的文件流程

该博客记录了如何从头搭建包含离子液体的lammps data文件,重点是构建mmol文件。作者通过makemol程序建立框架,并根据opls-aa力场参数和文献填充内容,详细介绍了使用gaussian09优化结构、RESP方法获取电荷、makemol创建文件框架的过程,以及在linux服务器上安装和运行makemol的步骤。
摘要由CSDN通过智能技术生成

背景:因课题需要,现要从无到有搭建一份包含离子液体的data文件。需要的data文件最关键是获得相应阴阳离子的mmol文件,因此问题转化为构建一份mmol文件。这里我以阴离子为例,阳离子搭建方式一致。(仅对我的体系流程进行记录)

框架主要分为以下重要部分 :

原子个数:列出所需原子的【名称、坐标、质量、电荷、lj参数】

参考文献个数:文献名(空够行数即可,这些是给自己的备忘)

键个数:成键原子序号和对应的参数

角个数:成角原子序号及对应的参数

二面角个数:成角原子序号及对应的参数(这里PF6的结构没有二面角,所以为0)

经过亲身测试,以上内容中最困扰的为两部分:参数(需要去找文献),成键成角的原子序号(这个手动数非常容易出错,错一个的严重后果就是整个文件不能获得所需结果)

耗费了大概2周的时间,请教了线上线下的朋友,浏览和测试了很多方法,包括一些可以自动生成的网站我也有尝试(这里写两个主流多提及的),(但最后完整走通并且保证不会因为网络等一些客观因素导致连接中断的、正确性极高的仅有后面分享的一种方法):

【申明:以下不推荐仅为个人尝

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