测序比对软件的总结----bowtie2

最新推荐文章于 2024-06-19 11:20:26 发布
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分类专栏： mapping 文章标签： linux
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本文链接：https://blog.csdn.net/acetyl_coa1741/article/details/125619025
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本文介绍了如何使用bowtie2进行测序数据的比对，包括适用于chip-seq和atac-seq的情况。首先从genecode网站下载FASTA格式的参考基因组，然后使用bowtie2-build生成索引文件。接着，根据数据类型（单末端或双末端），通过指定比对模式、索引文件和输入FASTQ文件，将数据比对到基因组，并输出SAM文件。
摘要由CSDN通过智能技术生成

#bowtie2

  • 适用情况
    chip-seq,atac-seq

  • 使用方法

下载参考基因组
FASTA文件下载自genecode网站
在这里插入图片描述

wget -c -t 0 https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M29/GRCm39.genome.fa.gz

下载完成之后，解压缩文件

gunzip GRCm39.genome.fa.gz

1.生成索引文件

  bowtie2-build GRCm39.genome.fa mouse_h39

bowtie2-build–bowtiw2的程序
GRCm39.genome.fa–刚下载出来的基因组文件
mouse_h39–自己给index的命名

2.把自己的数据FASTQ文件比对到基因组上
单末端使用 “-U”

bowtie2 --local -x mouse_h39 -U /xx/xx/SRR2243229_1_trimmed.fq -S SRR2243229_1_trimmed.fq.sam
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CHIP-seq流程学习笔记（3）-比对软件 bowtie2
垚垚爸的博客
09-22 3395
参考文章： 我的第一次ChIP-seq实践 bowtie2使用手册 老菜鸟终于开始进行CHIP-seq的学习啦，又是开始学习新的软件。不过现在感觉没那么头大了，毕竟前边学了一些了。先做些简单的记录吧。 1.安装Bowtie2软件 安装仍然在服务器中使用miniconda进行安装，参考文章RNA-seq流程学习笔记（3）。 2.Bowtie2软件软件的使用 1. 软件说明 bowtie2 --help Usage: bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 &lt
测序比对软件的总结----hisat2
acetyl_coa1741的博客
07-05 1631
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bowtie2比对工具
03-25
序列map工具 支持空位匹配 再bowtie的基础上的升级版
bowtie2序列比对
qq_27390023的博客
10-06 4314
bowtie2 是bowtie的升级版，index不能混用。具体不同点，请参考这里。 1. 建立索引 bowtie2-build -f hg38.fa--threads 4 ./bowtie2_index/hg38 # -f 可以省略，默认是fasta格式 # --threads 线程数 注：时间很长，macbook（i5，16G）上运行四个多小时。生成.bt2结尾的六个文件，某些基因组的index文件可以从这里下载。 2. 比对单端（single end，PE）测序数据 用法：bowt...
短序列比对软件——bwa和bowtie2软件
m0_69574256的博客
11-27 2807
因使用的是老师提供的账号，无sudo权限，老师已将下列软件提前帮我们安装好了，故安装步骤只提供了代码无上机演示图片序列文件为老师提前准备好的，直接复制过来使用的，但文中有给出如何自己获取序列文件。
零基础小白笔记6 | 使用bowtie2进行数据比对
tmrtmr___的博客
12-29 4365
（3）sam文件：是一种用于存储测序数据的比对结果的常用的文本格式，通常包含了测序数据中每个读取序列的比对位置、比对质量、序列标识等信息；（1）samtools工具是一个用于处理sam和bam格式文件的工具集，可以对测序数据进行处理、分析和转换，如格式转换、排序和索引、对比文件处理、统计信息和比对操作等；（1）排序后的BAM文件按照染色体的编号和起始位置进行排序，可以方便的进行基因组序列的比对分析、注释等操作；（2）该命令中，mm10.fa为参考基因文件，mm10是索引文件前缀；命令中表示用6个线程分析；
生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）
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Baimoc
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测序比对软件的总结---salmon
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使用salmon分析RNASEQ的数据
测序比对的方法——bowtie
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bowtie和bowtie2用法详解
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bowtie 短序列比对工具详解 常见的短序列比对工具有很多，如fasta、blast、bowtie、shrimp、soap等。每个工具都有其自身的优点，但同时也具备了一些缺点。权衡利弊，我选择bowtie作为主要的短序列比对工具。它速度很快，比对结果也容易理解。 现在举个例子来探讨bowtie的使用方法：现在有GENOME.fa、高通量测序数据Reads.fa，我们希望将Reads.fa比对到...
Bowtie2数据比对教程
BioinfoDu
01-09 2255
Bowtie2和Bwa是用于短reads的比对软件，bowtie2主要用于50-1000bp的reads进行比对，生产SAM文件。在做转录组数据分析前，会过RNA-seq数据中的tRNA等序列，常常使用bowtie2进行过滤。网址：https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；若我们的分享对你有用，希望您可以。若我们的分享对你有用，希望您可以。
探秘 Bowtie2：高效精准的基因组比对工具
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04-15 685
探秘 Bowtie2：高效精准的基因组比对工具 去发现同类优质开源项目:https://gitcode.com/ 是一个强大的、开源的生物信息学工具，专为大规模基因序列比对而设计。它由 Ben Langmead 和 Cole Trapnell 开发，旨在帮助科研人员快速、准确地将高通量测序数据（如RNA-seq或ChIP-seq）与参考基因组进行匹配。 技术分析 Bowtie2 的核心技术在于其高...
Linux系统下RNA-seq分析（利用bowtie2比对）
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03-12 1500
3.bowtie2-build 是用来建立索引的命令，/home/lumino/TEST1/TEST1.1/tair10.fa 是你的基因组 FASTA 文件的路径，tair10 是你希望为索引文件使用的前缀。综上所述，从提供的数据来看，这些数据的质量在映射率和读取长度方面看起来是合理的，但还需要进一步的质量控制分析来确认其完整的质量状况。: 没有次级对齐的 reads，这通常表示数据中的 reads 都是唯一的，没有来自重复区域或高度相似区域的 reads。则指定了输出SAM格式文件的路径和名称。
The bowtie2 aligner
situttt的博客
06-18 1894
Bowtie2使用Bowtie 2索引和一组测序读取文件，输出一组格式为SAM的比对结果。"比对"指的是我们检测读取序列与参考序列之间的相似性方法。一个"比对"就是这个过程的结果，换句话说：一个比对就是将一些或全部在读取序列中的字符与参考序列中的字符通过某种方式对齐，从而揭示它们的相似性的方法。例如：以破折号表示空隙，以垂直杠表示比对过的字符，我们使用对齐方式以便推测读取片段来自于参考基因组的位置。可惜，有时这并不可行。
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03-20 1610
Bowtie 2是一个超快的、内存效率高的工具，用于将测序读数与长参考序列进行比对。它特别擅长将大约50个到100个或1000个字符的读数进行比对，尤其擅长与相对较长的（如哺乳动物）基因组比对。Bowtie 2用FM索引对基因组进行索引，以保持其内存占用小：对于人类基因组，其内存占用通常约为3.2GB。Bowtie 2支持间隙式、局部式和成对端对齐模式。其中FM index就是就是一个BWT[T],一个checkpoint data，一个简化了的SA（具体参考。
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使用bowtie2的bowtie2-build 生成的是.tmp临时文件就结束了。原因可能是运行内存不够。
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文章目录Index比对选择n条reads快速比对 Index bowtie2-build --threads 20 reference.fa reference_bt2_index 比对 选择n条reads快速比对 bowtie2 -x Bowtie2_Index/HTR8_bw2 -1 ~/Ocean_metagenome/Trim_galore/HTR8_1_val_1.fq.gz -2 ~/Ocean_metagenome/Trim_galore/HTR8_2_val_2.fq.gz --very-
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