之前有粉丝反馈R版本的scenic工具运行太慢了,在通过一段时间的测试,终于python版本scenic工具与大家见面了,话不多说,直接上工具。
工具链接:pyscenic转录因子预测 - 生信豆芽菜 - 专门做分析的生信平台.
直接之前完成亚群注释的单细胞任务队列,默认有两个,一个是seurat_cluster(聚类的结果),一个是cell_type(亚群注释后的结果),选择tsne/umap降维的方法进行后续的可视化。
该工具相比较之前R版本的快了很多,默认是选择findmark筛选各个亚群的marker基因,然后运行pyscenic,并进行可视化。具体的分析时间需要看细胞数据!!!