pyscenic转录因子预测-强势来袭

针对用户反馈,Python版本的scenic工具现已推出,相比R版本速度显著提升。它支持seurat_cluster和cell_type的亚群注释,以及tsne和umap降维,通过findmark筛选marker基因并进行高效可视化。分析时间取决于细胞数据量。
摘要由CSDN通过智能技术生成

之前有粉丝反馈R版本的scenic工具运行太慢了,在通过一段时间的测试,终于python版本scenic工具与大家见面了,话不多说,直接上工具。

工具链接:pyscenic转录因子预测 - 生信豆芽菜 - 专门做分析的生信平台.

直接之前完成亚群注释的单细胞任务队列,默认有两个,一个是seurat_cluster(聚类的结果),一个是cell_type(亚群注释后的结果),选择tsne/umap降维的方法进行后续的可视化。

该工具相比较之前R版本的快了很多,默认是选择findmark筛选各个亚群的marker基因,然后运行pyscenic,并进行可视化。具体的分析时间需要看细胞数据!!!

评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值