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生信分析
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一名行走在生物信息学领域的研究者
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翻译后修饰的泛癌分析揭示了蛋白质调控的共同模式
1、泛素化是最主要的转录后修饰之一,它调节着几乎所有类型的细胞过程,泛素化酶级联将泛素分子附着在特定的亚层上,从而诱导底物降解或活性变化。2、去泛素化是指通过去泛素化酶(deubiquitination enzyme, DUBs)从底物上去除附着的泛素分子。3、人类基因组中约有100个DUB,其中泛素特异性蛋白酶(USPs)是最大的DUB亚家族,拥有近60个成员。4、越来越多的证据显示USPs在癌症中起着关键作用。原创 2024-04-22 10:06:19 · 1341 阅读 · 0 评论 -
TIDE分析barplot+heatmap
在分析的过程中,需要上传一个全基因的表达谱矩阵,记得记得TIDE分析需要做scale,如果你已经提前做过了scale,就不要选择做scale,如果没有做过,属于原始的表达谱矩阵,就可以选择进行scale分析!这里需要注意的是,TIDE分析的第一列是样本名,也是我们的行名,所以你在复制粘贴的时候,要查看一下,需要小小修改一下数据第一行。首先看这张图是有两个部分组成的,上侧为免疫治疗效应的评分的柱状图,下侧为免疫细胞预测的丰度的热图,热图一定要是数值!刚刚输入的颜色组块就出来了,可以自己选择自己喜欢的颜色。原创 2024-04-16 15:23:21 · 520 阅读 · 0 评论 -
期待已久的中介孟德尔随机化终于来了
说起孟德尔随机化分析,大家都很熟悉,普通的双样本MR可以简单认为双疾病的因果关系,其实就是为了说明暴露因素和结局因素之间通过一些关键的snp产生因果关系,而中介孟德尔随机化分析,就是引入一个第三个因素如下:通过两步MR分析完成两步MR的主要目的是探讨中介变量(mediator)是否能介导暴露对结局影响,一般适用于寻找从暴露到结局的潜在发生机制。一般而言,在进行两步MR分析之前,我们已经获取了暴露对结局的因果效应(假设其为c)。原创 2024-04-15 10:39:28 · 3829 阅读 · 0 评论 -
单因素+lasso+逐步回归+多因素构建风险模型
常见的模型有两种,一种的预后模型,一种是诊断模型。简单来说就是,当研究的疾病与时间队列相关时,就可以构建预后模型,构建风险模型需要注意的是需要有样本的生存数据和生存状态。当研究的对象只有一个疾病发生与否的状态,或者是耐药与否的状态时,可以构建诊断模型。如何做到零代码构建预后/诊断模型呢?原创 2024-04-12 10:04:51 · 2419 阅读 · 0 评论