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一名行走在生物信息学领域的研究者
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亚群注释原来这么简单
如这里选择garnett的方法,需要上传一个细胞的特征基因集,特征基因集包含两列的信息,第一列为细胞名,第二列为基因名。在注释完成后,我们需要回到基础分析中新增注释信息,把注释信息添加进入,重新进行分析。单细胞分析工具的重新修改上线,旨在更加系统简便的为大家提供更加优质的单细胞分析工具。同样的选择ssGSEA的方法,该方法是基于富集分析的方法进行的注释。首先,高级分析的任务数据,必须是从高级分析准备中创建的。原创 2024-05-21 17:41:09 · 242 阅读 · 0 评论 -
Rstudio使用中最容易忽视的问题
从推出linux版本的Rstudio以来已经一年,当初推这个账号,本身是为了做代码复现,为了统一解决环境问题,所以我们配备配置R环境的相关服务,这里小编简单整理一下在使用中常遇到的问题。原创 2024-04-23 09:46:24 · 1257 阅读 · 1 评论 -
pyscenic转录因子预测-强势来袭
直接之前完成亚群注释的单细胞任务队列,默认有两个,一个是seurat_cluster(聚类的结果),一个是cell_type(亚群注释后的结果),选择tsne/umap降维的方法进行后续的可视化。该工具相比较之前R版本的快了很多,默认是选择findmark筛选各个亚群的marker基因,然后运行pyscenic,并进行可视化。具体的分析时间需要看细胞数据!之前有粉丝反馈R版本的scenic工具运行太慢了,在通过一段时间的测试,终于python版本scenic工具与大家见面了,话不多说,直接上工具。原创 2024-04-21 10:21:43 · 312 阅读 · 0 评论 -
1400种代谢物和肠道微生物与疾病的孟德尔随机化分析来了!!!
该工具于免疫细胞与疾病的MR类似,也是分了三步进行,话不多说,直接上工具。原创 2024-04-20 13:01:49 · 917 阅读 · 0 评论 -
免疫分析-免疫浸润
在生信分析中,免疫分析作为必不可少的一部分,基本上90%以上的文章都会使用到免疫分析,其中CIBERSORT,TIMER,ESTIMATE等等,使用尤多。生信豆芽菜将分析和可视化进行分开,这里对8个免疫相关的分析进行总结。这8个分析工具,需要上传的都是一个基因表达谱矩阵,其中行为基因,列为样本,行名不要重复。如果重复,可以使用去重工具去重!!!!在分析的过程中,我们会得到一个细胞丰度的比例,其实就是该样本与这个细胞的相似度,准备来说,就是这样样本中,关于这个细胞组成所占的比例有多少。原创 2024-04-19 10:18:02 · 1145 阅读 · 0 评论 -
101算法构建风险模型
早期在多因素建模的过程中,也是没有系数的,后来为了将基因的风险系数进行量化,所以将多因素cox分析得到的coef作为系数,进行计算相关的风险得分。这里我们是将建模的 方法释放出来,在之前的分析中,由于数据分布状态的问题,导致个别算法不能运行,内存直接爆掉,程序被迫中断,为此,我们在分析时不选择该算法组合即可。而现在101算法,默认也是没有系数的,在得到特征基因后,选择用多因素cox/Logistic的得到系数,并重新计算风险得分,这也是目前很多文章中使用的方法。这也是他应用的场景所决定的。原创 2024-04-18 10:37:13 · 1237 阅读 · 0 评论 -
如何绘制一个好看的KEGG层级图
前四列其实都很好理解,为什么会有第五列,如果你只有一个分组,可以只写一个名字,这里默认是针对A和B组做差异分析,A组的上调基因和B组的上调基因进行富集分析,得到的结果。第一列为ID的编号,第二列为该通路中基因数量,第三列为差异基因富集到该通路的数量,第四列为通路的名称,第五列为分组的名字。选择分组的颜色,网站提供了多种颜色方案,也可以点击设置,去设置自己喜欢的颜色方案,然后选择图片的宽度和高度。该图可以清晰的看出KEGG富集的通路的二级和一级分类,这样的层级图是你想要的吗?原创 2024-04-17 13:33:49 · 340 阅读 · 0 评论