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RSS订阅原创 Plant Physiol | DAP-seq助力揭示杨树根系抗旱新机制
喜报！DAP-seq项目文章发表Plant Physiol，本研究借助DAP-seq技术揭示了杨树通过“分子开关”PuZFP1协调侧根抑制与不定根伸长的抗旱策略，本文将深度解读这一创新成果，展示DAP-seq在植物逆境研究中的关键作用。
2025-05-26 10:21:48
872
原创 探秘表观遗传研究：DAP-seq、ChIP-seq、CUT&Tag、ATAC-seq，谁才是你的科研“神器”？
DAP-seq、ChIP-seq、CUT&Tag、ATAC-seq四种技术在表观遗传研究中各展所长，其原理、特点与适用场景各异，我们需要结合具体研究需求和条件，才能做出合适的选择。欢迎感兴趣的同学前来咨询！
2025-05-19 10:26:22
639
原创 Mol Hortic | DAP-seq助力揭示软枣猕猴桃果实变色机制
随后对不同颜色的软枣猕猴桃品种进行RNA-seq分析，并结合亚细胞定位结果，筛选出花青素调控相关的候选转录因子AaBEE1。经红色软枣猕猴桃果实中瞬时过表达，以及在拟南芥、番茄和烟草中稳定遗传转化实验验证，AaBEE1能够抑制花青素的生物合成和积累。进一步通过DAP-seq分析，发现AaBEE1在全基因组范围内存在457个结合峰，这些峰分布在29条染色体上，多数位于转录起始位点（TSS）上游2kb的启动子区域。软枣猕猴桃近年来备受青睐，它果实小巧，皮薄多汁，富含花青素，口感清甜，深受消费者喜爱。
2025-05-19 10:20:11
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原创 文章分享|ChIP-seq：如何解开拟南芥复制应激谜团？
SOG1靶基因可分为三组，分别主要受SOG1调控、受SOG1和E2FB拮抗调控、受E2FA和E2FB冗余激活且部分依赖SOG1，表明E2Fs和SOG1对DDR基因存在复杂的调控关系。同时有345个基因上调，其中145个是E2FA或E2FB结合的基因，且这些上调基因中43个是SOG1的靶基因，这进一步证实了。突变对生长影响不明显。综上所述，本研究揭示了一个复杂的转录网络，该网络在植物应对复制应激反应中发挥着关键调控作用，其中E2Fs和SOG1作为核心调节因子，共同维持植物基因组的稳定性和细胞周期的正常运行。
2025-05-12 15:12:47
863
原创 一文速览 CUT&Tag 技术！
在表观遗传学的研究领域中，蛋白质与 DNA 的相互作用一直是探索基因表达调控奥秘的关键所在。而 CUT&Tag（Cleavage Under Targets & Tagmentation）技术，即靶向切割与转座酶技术，作为一种高效的研究手段，正逐渐成为众多科研人员的得力助手。与ChIP-seq相比，在相同Reads条件下，两者的Peaks一致，并且CUT&Tag的信噪比更高、背景更低。通过研究疾病相关蛋白质与 DNA 相互作用的异常变化，揭示疾病发生发展的分子机制，为疾病诊断和治疗提供新的靶点和思路。
2025-05-12 15:04:31
393
原创 三大技术如何联手揭开PAC1肿瘤免疫的神秘面纱？
综上所述，PAC1通过招募NuRD复合物重塑效应T细胞的表观遗传程序，抑制T细胞的细胞毒性功能。在炎症条件下，激活的T细胞通过ROS - EGR1信号通路表达高水平的PAC1，导致T细胞耗竭和宿主抗肿瘤免疫减弱。为了评估PAC1在T细胞激活中的作用，在Jurkat T细胞系中过表达不同类型的PAC1以及利用。敲除的小鼠，发现敲除的小鼠体重恢复快、病毒载量低，CD8+T细胞数量和功能更好，抑制性受体表达低。基因敲除小鼠进行实验，结果表明，PAC1以不依赖磷酸酶的方式抑制T细胞的增殖和效应功能。
2025-05-12 14:59:05
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原创 染色质开放性测序（ATAC-seq）
染色质开放性测序（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing，ATAC-seq），一种用于检测染色质开放性的高通量测序技术，通过Tn5转座酶切割并标记开放的染色质区域，从而揭示基因组中调控元件（如增强子、启动子）的位置和活性。在真核生物中，DNA并不是裸露存在的，而是与组蛋白等结合形成染色质。染色质的结构状态会影响基因的表达，那些处于开放状态的染色质区域，更容易与转录因子等蛋白结合，进而启动基因的转录过程。
2025-04-29 17:24:39
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原创 文章分享《Nature Communications》|ATAC-seq开启新视角：探索Shox2基因沙漠的神秘功能
基因沙漠是关键的顺式调控区域，编码一系列组织特异性增强子，协调调控Stylopod 形成、颅面模式形成和心脏起搏器依赖的胚胎发育进程。3.研究人员进一步构建了基因沙漠缺失的小鼠模型，通过整体原位杂交（ISH）、qPCR、免疫荧光（IF）、骨骼染色和μCT技术检测基因表达以及肢体骨骼发育的情况。约四分之一的人类基因组由基因沙漠组成，这些区域没有基因，但却常常位于发育基因附近，暗示着它们可能参与基因调控。表达的关键元件，也为解析基因沙漠在心脏发育中的调控机制提供了关键线索，推动了对基因调控网络复杂性的认知。
2025-04-29 17:06:42
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原创 ChIP-seq（染色质免疫共沉淀测序）
将染色质免疫共沉淀和高通量测序相结合，通过目的蛋白的特异性抗体，将目的蛋白-DNA复合物沉淀下来，从而获取该目的蛋白结合的DNA。利用该技术不仅可以检测转录因子在全基因组上的结合位点，还可以研究各种组蛋白修饰在全基因组上的分布情况。鉴定肿瘤特异性表观遗传标记（如SETD2突变导致的H3K36me3缺失），发现潜在治疗靶点。追踪胚胎发育过程中组蛋白修饰的动态变化，揭示细胞命运决定的表观遗传机制。探索神经元活动依赖的表观遗传调控，如学习记忆相关基因的染色质重塑。用于研究蛋白质与DNA的相互作用的技术。
2025-04-27 14:34:12
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原创 《Nature》|揭秘TH17细胞分化“开关”：ChIP-seq 技术破解基因调控密码
干扰SKI表达可使野生型T细胞在无TGFβ时分化为TH17细胞，证明了SKI是TH17分化的负调控因子。体内致病性结果显示，过表达SKI的T细胞在EAE模型中分化为TH17细胞的能力显著受损，而SKI缺陷细胞分化增强，表明SKI-SMAD4 轴在体内调控TH17细胞的致病性分化。本研究通过基因敲除、分子互作、表观遗传及体内外功能实验，系统性阐明了TGFβ-SKI-SMAD4-RORγt通路在TH17细胞分化中的关键机制，为靶向SKI-SMAD4轴治疗TH17相关疾病（如自身免疫病）提供理论依据。
2025-04-27 14:31:23
708
原创 客户文章|DAP-seq技术助力揭秘VaEIN3.1-VaERF057-VaFBA1模块调控葡萄耐冷性的糖代谢机制
本研究通过整合DAP-seq和RNA-seq多组学数据，首次解析了葡萄低温胁迫响应中乙烯信号转导与糖代谢通路的协同调控网络。研究鉴定出关键调控因子VaERF057和代谢酶VaFBA1作为协同抗冷的核心元件，揭示了其通过动态调控可溶性糖积累增强细胞渗透保护的分子机制。创新性地提出了基于多基因模块的设计育种新策略，突破传统单基因改良的局限性。该成果不仅为葡萄抗逆分子育种提供了理论依据和基因资源，更为重要的是建立了跨物种适用的抗冷机制研究范式，为其他作物的耐冷性遗传改良提供了可借鉴的研究思路。
2025-04-27 11:39:30
883
原创 DAP-seq技术助力揭示拟南芥根基本组织发育的调控机制
随后为进一步研究了这些RLKs的转录水平是否受SHR和SCR的直接调控，作者使用了Chip-seq和DAP-seq技术检测这些转录因子和DNA序列之间的相互作用，结果发现这些RLKs的启动子和两种转录因子之间不存在相互作用。综上所述，该研究明确了ARH1、FEI1和FEI2三个受体激酶在整合SHR-SCR信号通路和GA信号来调控根基本组织模式中的关键作用，揭示了根基本组织发育的分子调控机制。”的研究论文，该研究揭示了受体激酶ARH1、FEI1和FEI2共同调控根基本组织发育的分子机制，并。
2025-04-21 11:24:59
594
原创 客户文章（Plant Com) ▏DAP-seq助力揭示甘蓝型油菜早花的遗传机制
突破性发现！油菜BnaC3.LFY基因内含子变异调控开花时间，助力精准育种。DAP-seq和RNA-seq联合分析双剑合璧，结合SV-GWAS结果，从多个维度进行深度的数据挖掘，更全面、更深入地理解生命活动的奥秘。
2025-04-14 15:28:11
367
原创 多聚核糖体分析（Polysome Profiling）
多聚核糖体分析（Polysome profiling）是研究翻译调控机制常用的技术。Polysome profiling通过蔗糖密度梯度超速离心分离free mRNA、40S和60S核糖体亚基、单核糖体和多聚核糖体，收集含有多聚核糖体的部分用于RNA或蛋白质分析。
2025-04-14 13:46:56
463
原创 RNA免疫共沉淀测序（RIP-seq）
RNA免疫共沉淀测序（RNA Immunoprecipitation Sequencing, RIP-seq）是一种将RNA免疫共沉淀（RIP）与二代测序技术（NGS）相结合，用于研究细胞内RNA与蛋白相互作用的技术。
2025-04-14 13:43:11
343
原创 Ribo-seq——检测正在翻译的RNA信息，连接转录组学与蛋白质组学的桥梁
Ribo-seq——检测正在翻译的RNA信息，连接转录组学与蛋白质组学的桥梁
2025-04-10 13:42:42
480
原创 RBP研究技术RIP-seq+Polysome profiling
RNA结合蛋白（RBP）在转录后调控中起关键作用，影响RNA的稳定性、定位、翻译和降解。RIP-seq（RNA免疫共沉淀测序）和Polysome Profiling（多核糖体分析）联合使用，可全面研究RBP与RNA的相互作用及其对翻译的影响。
2025-04-07 12:03:14
651
原创 m6A MeRIP-seq联合Ribo-seq的研究思路
m6A（N6-甲基腺苷）是常见的RNA修饰，影响mRNA的稳定性、翻译和降解。m6A MeRIP-seq用于全基因组水平检测m6A修饰，而ribo-seq则用于研究翻译过程。联合这两种技术可以揭示m6A修饰对翻译的调控机制。
2025-04-03 11:16:14
773
原创 Cell文献：转座子外显化构成了一个受进化选择的功能蛋白质亚型储库
ribo-seq和RNA-seq二者相互配合，从转录和翻译层面，为研究转座子元件外显子化产生的 JET-ORFs 提供关键数据，助力阐释其在蛋白质组中的作用和生物学意义。
2025-03-24 13:37:22
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原创 喜报！又一篇Mol Plant文章发表！DAP-seq技术助力客户挖掘水稻香气调控机制
然而，除了2-乙酰基-1-吡咯啉（2-AP）外，香气的代谢基础尚不清楚，香气代谢物积累的遗传基础在很大程度上也是未知的。结合RNA测序（RNA-seq）、KEGG富集分析、酵母单杂交（Y1H），双荧光素酶报告实验等方法，发现OsAROMA2（OsNAC021）能够直接与LOX途径的。此外，通过vGWAS分析，作者还发现与FAVs（己醛、辛醛、2-辛烯醛和1-庚醇）含量相关的基因位点共定位在。基因的启动子区域结合，并抑制这些基因的活性，从而负调控游离芳香族化合物（FAVs）的积累。
2025-03-17 10:01:50
401
原创 利用dDAP-seq技术解析转录因子的DNA结合特性
双DNA亲和纯化测序（dDAP-seq）技术是在DAP-seq基础上改进而来，可以检测异源二聚体的DNA结合特性。
2025-03-07 13:39:03
900
原创 客户文章 ▏DAP-seq技术助力揭示水稻氮素吸收直接途径和菌根途径的新机制
该研究首次阐明了协调氮素吸收的直接途径和菌根途径的作用机制，完善了菌根氮素营养的调控网络，为进一步利用菌根途径提高作物氮素利用效率提供了理论基础和重要基因资源。鉴于OsPHR2和OsNLP3共同调控共生硝酸盐吸收，对OsNLP3和OsPHR2的潜在靶基因与在AM共生根中的差异表达基因（DEGs）进行了重叠分析。氮（N）是植物生长必需的营养元素，大多数陆地植物进化出了两种氮吸收途径：一种是直接通过根系吸收的途径，另一种是通过与丛枝菌根（AM）真菌共生的途径。
2025-02-24 13:27:19
825
原创 客户文章|DAP-seq助力揭示苹果MYB54通过调节细胞壁纤维素和果胶裂解酶依赖的防御机制以减轻病害
的互作蛋白MdMYB54，并通过pull-down、Y2H、荧光素酶互补（Split-LUC）实验证实MdMYB54与MdERF114在体外和体内均直接相互作用。的抗性，表现为植株生长受抑制程度减轻、根相对电导率（REL）和丙二醛（MDA）含量降低、根活性提高、根部病斑数量和面积减少；感染苹果根中的调控机制，为理解其在缓解苹果再植病挑战中的作用提供了依据，为提高苹果产量和品质、培育优良砧木新品种奠定了理论基础。的抗性，表现为植株生长改善、根损伤减轻、REL和MDA含量降低、根活性提高。
2025-01-15 14:02:19
557
原创 Cytoscape-基础使用手册
1.菜单●File：文件菜单。Import：导入网络或表格。Export：导出网络图片或表格，也可导出为网页。Open Session / Open Recent Session：可以打开 Cytoscape 文件或列出最近打开的会话文件，以便快速访问。New Network：创建新网络，可以编辑空白网络，也可以从一个现有网络创建。Save Session：保存会话文件。●Edit：编辑菜单。可以进行撤销重做等。撤消和重做功能适用于最近执行的 10 个任务。
2025-01-08 13:32:53
2241
原创 RNA甲基化修饰：利用picoMeRIP-seq技术揭示m6A修饰在小鼠卵母细胞和胚胎发育早期的重要作用
研究发现，在从母体到合子转变的过程中，m6A广泛存在于母体遗传的转录本和合子激活的基因中，并且这些m6A标记的母体遗传转录本更可能被miRNAs靶向，而特定的逆转录转座子RNA，如MTA和MERVL，也被发现富含m6A修饰。成功绘制了小鼠卵母细胞和着床前胚胎中N6-甲基腺苷（m6A）修饰的动态图谱，揭示了m6A修饰在调控早期胚胎发育、基因表达、母体到合子转换过程中的关键作用，以及m6A通过在逆转录转座子衍生的RNA上的富集来维持基因组稳定性和细胞特性。图4.m6A在逆转录病毒衍生的RNA上的沉积。
2025-01-08 13:10:06
639
原创 Polysome Profiling助力揭示小核仁RNA SNORA13调控细胞衰老的分子机制
不过，在致癌基因诱导下缺失SNORA13的细胞中翻译水平有所增加，但这可能是由于这些细胞相对于野生型细胞持续增殖的次要后果，因为p53的缺失也会导致这些条件下翻译的增加。最后，在小鼠中鉴定到了三个SNORA13的同源基因，且仅在同时敲除三个同源基因后才会导致60S亚基增加，这与人类细胞中的表型一致。之后，利用OIS小鼠模型，进一步证明了。之后，研究者构建了SNORA13的突变体，发现SNORA13突变后丧失了引导假尿苷化修饰，但仍能与RPL23结合，而且突变体可以恢复SNORA13敲除导致的细胞衰老表型。
2024-12-30 10:29:16
690
原创 DAP-seq——蓝景科信（无需特异性抗体，无需转基因材料，省时省力）
无需针对每种蛋白制备特异性抗体，无需构建转基因体系，高通量检测转录因子及DNA结合蛋白的结合位点。蓝景科信可提供DAP-seq全流程技术服务和个性化数据分析，具有100多个物种，2000多个转录因子的实验经验，已协助很多客户成功发表文章。
2024-12-25 14:00:06
675
原创 客户文章|DAP-seq助力揭示SmHSFA8调控茄子耐热性机制
文章借助DAP-seq技术探究了SmHSFA8通过调控SmEGY3-SmCSD1模块和SmF3H介导的类黄酮生物合成提高茄子耐热性的分子机制。
2024-12-23 11:19:56
839
原创 WGCNA分析流程及内容解读
WGCNA，全称为weighted gene co-expression network analysis，即加权基因共表达网络分析。它是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，可将表达模式相似的基因进行聚类，并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系，在研究表型性状与基因关联分析等方面的研究中被广泛应用。
2024-12-06 10:17:34
1777
原创 文章分享 | 基因沙漠：调控Shox2基因多效性表达与胚胎发育的关键区域
本文通过对Shox2基因沙漠的系统研究，揭示了其作为动态增强子枢纽，通过组织特异性增强子的模块化排列和协同作用，调控Shox2基因的多效性表达，从而影响胚胎发育的多个过程。本文中作者研究了位于小鼠Shox2基因两侧的基因沙漠，揭示了其在胚胎发育过程中的关键作用，特别是对Shox2基因的表达调控以及对肢体、颅面和心脏发育的影响。基因沙漠的功能性： 基因沙漠的功能性研究强调了非编码基因组在先天性异常机制理解中的重要性，并为理解Shox2基因沙漠在颅面部、神经和肢体发育中的作用提供了新的见解。
2024-11-20 09:38:39
885
原创 客户文章 | DAP-seq助力揭示番茄抗酸铝分子调控新机制
云南农业大学园林园艺学院营养逆境与品质改良杨建立/范伟团队，通过DAP-seq和RNA-seq联合分析，进一步阐明了番茄抗酸铝核心分子调控网络，为创制耐酸铝番茄新种质奠定了基础。。
2024-10-23 13:22:47
458
原创 RNA Pull Down和RIP的技术应用：ELF18诱导的lncRNA ELENA1与MED19a互作增强拟南芥免疫反应
同时鉴定出了145个在野生型和过表达ELENA1植株中表达水平增加的防御基因，最终通过筛选将PR1、PR2、CRK7、BG3和CYP82C2定为靶标基因，通过RT-PCR实验验证以上基因在ELENA1过表达株和敲除株中的表达情况，结果显示以上靶标基因在ELENA1过表达和敲除株中的表达水平显示出明显的负相关。分析了四种不同ELENA1表达水平（1800-3200倍）的过表达株系，发现过表达植株中ELENA1的转录水平已经高于PR1表达的饱和水平，ELENA1的表达水平不会显著影响PR1的表达水平。
2024-10-15 10:26:11
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原创 翻译组学研究技术介绍和应用
越来越多的研究结果表明，mRNA的丰度和蛋白质的丰度存在较大差异，这主要是由于在翻译过程中存在复杂的调控机制。翻译组学是一种对核糖体结合的RNA进行捕获和测序的技术，是连接转录组学和蛋白质组学的重要桥梁和枢纽。
2024-10-09 13:10:31
1380
原创 客户文章|DAP-seq助力揭示GhSBI1调控棉花果枝节间伸长的分子机制
2024年7月26日，中国农业科学院棉花研究所张永山研究员团队在Plant Biotechnology Journal（影响因子10.1）杂志上发表了题为“GhSBI1, ahomologue, modulates branch internode elongation in cotton”的文章，该研究借助DAP-seq和转录组等技术，鉴定了GhSBI1下游靶标基因，揭示了其对棉花果枝节间伸长的抑制作用机制。棉花（Gossypium）是世界上主要的天然纤维来源，也是重要的油料和蛋白作物。
2024-09-26 10:31:27
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原创 文章分享 | 翻译调控增强神经系统中细胞类型的区分
对基因转录和翻译的精准调控可以定义细胞的特殊形态和功能。利用单细胞转录组测序技术鉴定差异表达基因，在转录水平揭示细胞多样性调控机制研究已有很多报道，但是翻译水平的调控机制对细胞类型影响仍有待阐明。在本文中，作者以果蝇为研究模型，聚焦于头部的神经元细胞与神经胶质细胞。这两类细胞都由同一种神经干细胞分化而来，神经元细胞的主要功能是突触和电信号传导，而神经胶质细胞的作用是形成血脑屏障并充当免疫细胞。尽管两类细胞类型不同，它们的转录组却具有一定的相似性。
2024-09-24 14:49:41
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原创 客户文章 | DAP-seq助力揭示MYC2转录因子调控银杏萜内酯生物合成的分子机制
银杏萜内酯是银杏中重要的天然药用活性成分，具有抗血栓、抗炎、治疗心脑血管疾病和预防阿尔茨海默病等药理活性，也是血小板活化因子的强拮抗剂。萜内酯在银杏中的含量极低，难以满足医药行业的需求，限制了银杏产业的发展和临床应用。许锋教授借助DAP-seq技术揭示了MYC2转录因子通过激活银杏中GbGGPPS的表达正向调控萜内酯生物合成的分子机制。为通过基因工程提高银杏中萜内酯含量提供了研究基础和靶基因。
2024-09-19 11:16:42
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