Ribo-seq——检测正在翻译的RNA信息，连接转录组学与蛋白质组学的桥梁

Ribo-seq技术原理

翻译（Translation）是基因表达的关键步骤，是指信使RNA（mRNA）携带的遗传信息被核糖体解码并转化为特定氨基酸序列的过程。蛋白质翻译的调控是高度精准、多层次、动态化的过程。

在全基因组水平上，转录与翻译经常存在显著差异。通过转录组测序鉴定的上调表达基因中，只有其中20%在蛋白水平上调。

核糖体印迹测序（Ribosome profiling, Ribo-seq），能够精细解析细胞内的翻译过程。Ribo-seq的技术核心是识别与核糖体结合的RNA，以及正在被翻译的约30个核苷酸。对核糖体结合的RNA片段进行测序，能够精确记录核糖体在翻译过程中的位置。将转录组与Ribo-seq数据联合分析，可以计算量化蛋白质的合成速率。通过Ribo-seq分析，能够鉴定新型的uORF、microPeptide、发现新颖的翻译调控机制以及能够被翻译的lncRNA。

Ribo-seq已经应用于解析生长发育与分化、疾病发生机制和抗逆分子机制的研究。

Ribo-seq技术应用方向

Ribo-seq应用于研究转录本的翻译活性、鉴定翻译起始位点、密码子使用、ORF位置和mRNA的翻译调控机制。

Ribo-seq技术已经广泛应用在动物、植物和微生物的研究中，用于揭示生长发育、形态建成、疾病发生、逆境胁迫响应的调控机制。总之，Ribo-seq能从基因组水平检测正在翻译的mRNA序列信息，揭示核糖体在mRNA上的位置和翻译活性，并帮助解析翻译调控机制。

Ribo-seq实验流程

分析内容

☞ 标准生信分析

● 原始数据过滤与测序质量评估

● 比对去除rRNA、tRNA、sRNA等

● Reads长度分布统计与长度过滤

● 比对参考基因组

● 测序饱和度分析

● ORF在基因组上的分布统计与分类

● 三碱基节律分析

● 翻译基因统计与表达量分析

● 样本关系分析

● 组间差异翻译基因分析

● 差异翻译基因的GO和KEGG功能富集分析

● ORF的翻译潜力分析

● ORF的特征分析

☞ Ribo-seq与RNA-seq的联合分析

● 翻译效率计算

● Ribo-seq与RNA-seq的相关性分析

● 翻译效率与转录水平的关联分析

 结果展示

Clean reads长度统计 

Reads在参考基因组不同区域的分布

 

P-Site分析 

ORF分析

ORF翻译潜力分析

ORF特征鉴定

 uORF对annotated ORF的影响

 

Ribo-seq与转录组数据联合分析

我们的优势

● 实验周期快、质量高、结果稳定可靠。

● 丰富的物种经验。

已做物种

人　小鼠　大鼠　猪　家蚕　果蝇　拟南芥　小麦　水稻 玉米　烟草　毛白杨　胡杨　甘薯　甲藻等