基因数据处理3之bwakit安装和使用

基因数据处理3之bwakit安装和使用

1.下载

方法1：

http://bio-bwa.sourceforge.net/

方法2：

https://github.com/lh3/bwa/tree/master/bwakit

方法3：

 wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwakit/bwakit-0.7.12_x64-linux.tar.bz2

2.解压，然后可以直接运行：

hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/backup/test1$ tar -xjf bwakit-0.7.12_x64-linux.tar.bz2 
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/backup/test1$ ls
bwa.kit  bwakit-0.7.12_x64-linux.tar.bz2  download

最好将bwa放到local的bin下：

sudo cp bwa /usr/local/bin

3.下载：

bwa.kit/run-gen-ref hs38DH

bwa.kit/bwa index hs38DH.fa  # create BWA index
# mapping
bwa.kit/run-bwamem -o out -H hs38DH.fa read1.fq read2.fq | sh

运行结果：

total 114M
drwxrwxr-x 3 hadoop hadoop 4.0K  3月 11 11:19 ./
drwxrwxr-x 3 hadoop hadoop 4.0K  3月 11 11:12 ../
drwxr-xr-x 5 hadoop hadoop 4.0K 12月 24  2014 bwa.kit/
-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop  46M 12月 29  2014 bwakit-0.7.12_x64-linux.tar.bz2
-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop  46M 12月 29  2014 download
-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 8.0M  3月 11 11:18 hs38DH.fa
-rw-r--r-- 1 hadoop hadoop 477K  3月 11 11:18 hs38DH.fa.alt
-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop   15  3月 11 11:19 hs38DH.fa.amb
-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 365K  3月 11 11:19 hs38DH.fa.ann
-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 7.6M  3月 11 11:19 hs38DH.fa.bwt
-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 1.9M  3月 11 11:19 hs38DH.fa.pac
-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 3.8M  3月 11 11:19 hs38DH.fa.s

4.