BWA安装，BWA-ALN使用，修正contigs

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已于 2024-01-06 12:08:23 修改

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文章标签： elasticsearch 大数据搜索引擎

于 2024-01-06 09:55:29 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_53945548/article/details/135407246

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本文详细介绍了BWA(Burrows-WheelerAligner)的安装过程，包括其依赖项bcftools、seqtk和bgzip等库的下载、编译和配置，以及使用BWA进行比对后进行基因变异检测的步骤，最终生成VCF文件并压缩索引。

摘要由CSDN通过智能技术生成

BWA安装

git clone https://github.com/lh3/bwa.git
cd bwa; make

BWA-ALN使用

安装依赖项

#bcftools
wegt https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.19/bcftools-1.19.tar.bz2
tar -xvjf bcftools-1.19.tar.bz2
cd bcftools-1.19
./configure
make 
sudo make install
(完整路径)/bcftools-1.19/bcftools
#seqtk
git clone https://github.com/lh3/seqtk.git;
cd seqtk; make
#bgzip
git clone https://github.com/samtools/htslib.git
cd htslib
autoreconf -i
./configure
make
sudo make install

(完整路径)/bwa/bwa index contig.fa
(完整路径)/bwa/bwa aln -t 180 contig.fa r1.fq r2.fq > sample_bwa_aln.sai
(完整路径)/bwa/bwa samse contig.fa sample_bwa_aln.sai r1.fq r2.fq > sample_bwa_aln.sam
samtools view -Sb -@180 sample_bwa_aln.sam > sample_bwa_aln.bam
samtools sort -@180 sample_bwa_aln.bam -o sample_bwa_aln_sorted.bam
samtools index sample_bwa_aln_sorted.bam
(完整路径)/bcftools mpileup --threads 180 -f contig.fa sample_bwa_aln_sorted.bam | bcftools call -c > sample_variants.vcf
(完整路径)/bcftools filter -e 'DP<5' sample_variants.vcf > sample_filtered_variants.vcf
(完整路径)/bgzip -c sample_filtered_variants.vcf > sample_filtered_variants.vcf.gz
(完整路径)/tabix -p vcf sample_filtered_variants.vcf.gz
(完整路径)/bcftools consensus -f contig.fa sample_filtered_variants.vcf > corrected_contig.fa