ambertools20--1FKO复合物分子动力学研究

1FKO复合物分子动力学研究

引用+原创
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/

1.PDB官网下载1FKO，用sybyl打开，将蛋白和配体分别保存为1FKO_pro.pdb（蛋白）和sustiva.pdb（配体）。

2.加氢：
(1)pdb4amber -i sustiva.pdb -o sustiva_h.pdb --reduce

(2)（注：通过reduce sustiva.pdb > sustiva_h.pdb 加氢再后续tleap处理会报错，通过pdb4amber加氢虽然改变了文件中的序号99变为1，但在后续生成的prmtop一致，与该参数无关，视体系不同用不同方法加氢）

3.处理非天然氨基酸配体文件：

(1)Antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb -o sustiva.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2

(2)（程序运行完会生成13个文件，主要关注sqm.out文件，检查是否完成或有报错）
(3)

(4)

(5)

4.生成frcmod参数文件：

(1)parmchk2 -i sustiva.mol2 -f mol2 -o sustiva.frcmod

(2)（确认参数是否可用，可以将其加载到tleap中添加缺少的参数，如键角，二面角等）

(3)

(4)注：通过parmchk2运行后已修复异常（图3为parmchk运行后图）

5.蛋白处理：

(1)因蛋白文件有一个突变氨基酸，无法识别，只保留1-242号氨基酸，删除其他；

(2)加氢：pdb4amber -i 1FKO_pro.pdb -fi pdb -o 1FKO_pro_h.pdb -fo pdb --reduce

6.运行tleap

(1)tleap

(2)Source oldff/leaprc.ff19SB

(3)Source leaprc.gaff

(4)Sus=loadmol2 sustiva.mol2

(5)Check sus（#配体警告信息可忽略，因配体三角键几何形状导致的）

(6)Loadamberparams sustiva.frcmod

(7)Check sus

(8)Saveoff sus sus.lib

(9)Loadoff sus.lib

(10)Pro = loadpdb 1FKO_pro_h.pdb

(11)Check pro

(12)Complex =combind {pro sus}（#合并蛋白和配体文件）

(13)Check complex（#检查复合物文件是否异常）

(14)Source leaprc.water.tip3p（#导入溶剂模型文件）

(15)Solvatebox complex TIP3PBOX 10.0（#加入TIP3PBOX水模型，距离为10埃）

(16)Savepdb complex complex_water.pdb （#sybyl查看模型是否异常）

(17)Charge complex（#检查复合物总电荷是否为0）

(18)addions complex Cl- 0（#总电荷为+4，加入抗衡离子Cl-，0代表整个体系最终电荷为0，自动识别加入几个抗衡离子）

(19)Charge complex（#再次检查体系总电荷是否为0）

(20)Saveamberparm complex complex.prmtop complex.inpcrd（#保存拓扑文件和坐标文件）

(21)quit

7.能量最小化

(1)min.in配置文件
(2)

（没有限制溶质位置不变）

(3)Sander -O -i min.in -o 1FKO_min.out -p complex.prmtop -c complex.inpcrd -r 1FKO_min.ncrst -ref complex.inpcrd

(4)ambpdb -p complex.prmtop -c 1FKO_min.ncrst > 1FKO_min.pdb（#sybyl打开检查）

8.MD（NVT模拟）

(1)Eq.in配置文件
(2)

(3)Sander -O -i eq.in -o 1FKO_eq.out -p complex.prmtop -c 1FKO_min.ncrst -r 1FKO_eq.ncrst -x 1FKO_eq.nc -ref 1FKO_min.ncrst -inf md1.info

(4)ambpdb -p complex.prmtop -c 1FKO_eq.ncrst > 1FKO_eq.pdb（#sybyl打开查看）