amber中tleap的用法

1，使用tleap创建一个短肽

source oldff/leaprc.ff14SB

aaa = sequence{ACE,LYS,PHE}

bbb = sequence{WAT}  #  usage:  sequence <LIST>，LIST中可以用逗号或者用空格

savepdb aaa 111.pdb

savepdb aaa bbb.pdb

2,bond的用法

bond  整体名.残基编号.原子名  整体名.残基编号.原子名

#整体名就是complex，是自己定义的复合物的名字；残基编号在此复合物中必须是独一无二的（且从第一个残基开始依次编号，如第一个残基的编号为2，则即使第2个残基的编号为888，导入tleap之后默认残基编号也是3）；原子名就是要bond的原子的名字，如CA