Amber20教程1----丙氨酸二肽（李继存博文）

Amber20教程1----丙氨酸二肽

来源：http://blog.sciencenet.cn/blog-548663-1095392.html

1、启动tleap；

tleap

2、加载力场；

source leaprc.protein.ff14SB

3、建立丙氨酸二肽

foo = sequence {ACE ALA NME}

可通过软件查看是否正确；

4、溶剂化：

 Source leaprc.water.tip3p  

Solvatebox foo TIP3PBOX 10.0
#TIP3PBOX指定溶剂化的水盒子类型，10.0表示分子在丙氨酸二肽和周期性盒壁之间应该具有至少10A的距离。

5、保存拓扑文件和坐标文件：
(1)Saveamberparm foo prmtop inpcrd

6、退出tleap：
(1)quit

7、准备MD所需的3个文件：

(1)能量最小化，

(2)在恒定体积和温度（NVT）下升温，一般0-300K；

(3)在1atm和300K的恒定压力和温度（NPT）下进行成品MD；

01_Min.in:
Minimize
 &cntrl
  imin=1,  #选择运行能量最小化
  ntx=1,   #从inpcrd坐标文件读取坐标，但不读取速度
  irest=0,  #不重新启动模拟（不适用于最小化）
  maxcyc=2000, #最小化的最大循环数
  ncyc=1000,  #最初的0到ncyc循环使用最速下降算法，此后的ncyc到maxcyc循环切换到共轭梯度算法
  ntpr=100,   #每ntpr次循环写入Amber mdout输出文件一次
  ntwx=0,     #不输出Amber mdcrd轨迹文件（不适用于最小化）
  cut=8.0,   #以埃为单位的非键截断距离（对于PME而言，表示直接空间加和的截断，不要使用低于8.0的值，较高的数字略微提高精度，但大大增加计算成本）
 /

02_Heat.in
Heat
 &cntrl
  imin=0,  #选择运行分子动力学MD（无最小化）
  ntx=1,
  irest=0,
  nstlim=10000, #要运行MD步数（运行时间长度为nstlim*dt，单位ps）
  dt=0.002,  #以ps为单位的时间步长
  ntf=2,    #不计算受SHAKE约束的键所受的力
  ntc=2,    #启动SHAKE来约束所有包含氢的键
  tempi=0.0, #初始恒温器的温度，单位K
  temp0=300.0, #最终恒温器的温度，单位K
  ntpr=100,
  ntwx=100,   #没ntwx步输出Amber轨迹文件mdcrd一次
  cut=8.0,
  ntb=1,  # 等容的周期性边界
  ntp=0,  # 无压力控制
  ntt=3,  #使用Langevin恒温器控制温度
  gamma_ln=2.0, #Langevin恒温器碰撞频率
  nmropt=1, #读入NMR限制和权重变化
  ig=-1,   #随机化伪随机数发生器的种子
 /
&wt type='TEMP0', istep1=0, istep2=9000, value1=0.0, value2=300.0/
&wt type='TEMP0', istep1=9001, istep2=10000, value1=300.0, value2=300.0/
&wt type='END' /

#最后三行允许恒温器在整个模拟过程中改变其目标温度，对于前9000步，温度将从0K升温到300K，对于9001至10000步，温度将保持在300K。

03_Prod.in
Production
 &cntrl
  imin=0,
  ntx=5,  #从inpcrd坐标文件中读取坐标和速度
  irest=1, #重新启动以前的MD运行（这意味着预期inpcrd文件中存在速度，并将使用他们来提供初始原子速度）
  nstlim=30000,
  dt=0.002,
  ntf=2,
  ntc=2,
  temp0=300.0,  #恒温器温度在300K运行
  ntpr=100,
  ntwx=100,
  cut=8.0,
  ntb=2,   #在恒定压力下使用周期性边界条件
  ntp=1,   #使用Berendsen恒压器进行恒压模拟
  ntt=3,
  gamma_ln=2.0,
  ig=-1,
 /

备注：该参数为缩短时间的演示，在真正的MD成品模拟中，需要增加NTPR 和NTWX的值

8、运行MD模拟程序（sander程序）

(1)运行最小化

Sander -O -i 01_Min.in -o 01_Min.out -p prmtop -c inpcrd -r 01_Min.rst -inf 01_Min.mdinfo

• -O 覆盖输出文件，如果他们已经存在

• -i 选择输入文件（默认mdin）

• -o 输出文件（默认mdout）

• -p 选择参数和拓扑文件prmtop

• -c 选择坐标文件inpcrd

• -r 输出包含坐标和速度的重启文件（默认restrt）

• -inf 输出包含模拟状态的MD信息文件（默认mdinfo）

• 注：Sander运行完成后，产生3个文件，一个输出文件01_Min.out,一个重启文件01_Min.rst和一个MD信息文件01_Min.mdinfo，将使用重启文件01_Min.rst来进行下一步的升温系统。

(2)升温（NVT模拟）

Sander -O -i 02_Heat.in -o 02_Heat.out -p prmtop -c 01_Min.rst -r 02_Heat.rst -x 02_Heat.mdcrd -inf 02_Heat.mdinfo

• -c 从最小化的重启文件01_Min.rst获取输入坐标

• -x MD模拟的输出轨迹文件（默认mdcrd）

(3)成品MD（NPT）

Sander -O -i 03_Prod.in -o 03_Prod.out -p prmtop -c 02_Heat.rst -r 03_Prod.rst -x 03_Prod.mdcrd -inf 03_Prod.info &

#末尾加上&，这样sander将在后台运行，如需查看进程，打印末尾部分 tail-f 03_Prod.out,退出按CTRL+C 完成后打开输出文件检查是否正常完成。

9、分析MD结果

Process_mdout.perl md1.out md2.out md3.out....（生成11个文件）

(1)温度

(2)能量

(3)密度

(4)RMSD

xmgrace summary.TEMP
xmgrace summary.DENSITY
xmgrace summary.ETOT 

trajin 02_Heat.mdcrd
trajin 03_Prod.mdcrd
reference 01_Min.rst
autoimage
rms reference mass out 02_03.rms time 2.0 :2

• trajin 02_Heat.mdcrd 加载轨迹文件

• reference 01_Min.rst 定义结构01_Min.rst作为参考结构

• rms reference mass out 02_03.rms time 2.0 :2
  使用参考结构计算质量加权的RMSD并输出到02_03.rms