SYBYL原子类型及其含义

SYBYL原子类型及其含义

原子类型	含义	中文翻译
C.3	sp3 carbon	sp3杂化碳原子
C.2	sp2 carbon	sp2杂化碳原子
C.1	sp carbon	sp杂化碳原子
C.ar	aromatic carbon	芳香碳原子
C.cat	carbocation,used only in a guadinium group	碳正离子化，仅在胍基团中使用
N.4	sp3 positively charged nitrogen	sp3带正电荷氮原子
N.3	sp3 nitrogen	sp3杂化氮原子
N.2	sp2 nitrogen	sp2杂化氮原子
N.1	sp nitrogen	sp杂化氮原子
N.ar	aromatic nitrogen	芳香氮原子
N.am	amide nitrogen	酰胺氮原子
N.pl3	trigonal planar nitrogen	三角平面氮
O.3	sp3 oxygen	sp3杂化氧原子
O.2	sp2 oxygen	sp2杂化氧原子
O.CO2	oxygen in carboxylate or phosphate group	羧酸根或磷酸根中的氧
S.3	sp3 sulfur	sp3杂化硫原子
S.2	sp2 sulfur	sp2杂化硫原子
S.O	sulfoxide sulfur	亚砜硫
S.O2	sulfone sulfur	砜硫
P.3	sp3 phosphorous	sp3磷原子
LP	lone pair	孤对电子
Du	dummy
Du.c	dummy with the weight of carbon
H.spc	hydrogen in SPC water model	SPC水模型氢原子
O.spc	oxygen in SPC water model	SPC水模型氧原子
H.t3p	hydrogen in T3P water model	T3P水模型氢原子
O.t3p	oxygen in T3P water model	T3P水模型氧原子
ANY	any atom	任意原子
HEV	heavy(non H) atom	非氢重原子
HET	heteroatom(N,O,S,P)	N,O,S,P杂原子
HAL	halogen	卤素
H	hydrogen	氢
Na	sodium	钠
K	potassium	钾
Mg	magnesium	镁
Ca	calcium	钙
Li	lithium	锂
Al	aluminum	铝
Br	bromine	溴
Cl	chlorine	氯
F	fluorine	氟
I	iodine	碘
Si	silicon	硅
Se	selenium	硒
Fe	iron	铁
Cu	copper	铜
Zn	zinc	锌
Sn	tin	锡
Mo	molybdenum	钼
Mn	manganese	锰
Cr.oh	hydroxy chromium	羟基铬
Cr.th	chromium	铬
Co.oh	hydroxy cobalt	羟基钴