LINUX安装SNPlyho

SNPhylo可以从包含大量SNP数据的文件中构建系统发育树。

1 官网链接 http://chibba.pgml.uga.edu/snphylo/

2 Linux的安装方法

2.1 依赖的软件和包

（1） Rscript
链接：http://www.r-project.org/.
（2）Python
链接： http://www.python.org/.
（3）MUSCLE
链接：http://www.drive5.com/muscle/.
（4）dnaml
在PHYLIP文件夹下的exe目录中
链接：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html.

2.2 安装步骤

在本链接中提供了一步步的安装方法，可以按照官方的步骤进行安装
http://chibba.pgml.uga.edu/snphylo/install_on_linux.html

3 注意事项

3.1 root用户已安装软件

一般服务器已安装了软件, 非root用户不必再安装。在最后安装编译阶段，如果在非root用户下未安装的软件或包，可提供服务器中已有软件的安装路径，例如R，非ROOT用户安装会比较麻烦。

3.2 如果按照2.2中的步骤不能下载相关软件时，可以在2.1中提供的链接中下载，再继续进行解压等操作，需注意版本的选择。