SNPhylo可以从包含大量SNP数据的文件中构建系统发育树。
1 官网链接 http://chibba.pgml.uga.edu/snphylo/
2 Linux的安装方法
2.1 依赖的软件和包
(1) Rscript
链接:http://www.r-project.org/.
(2)Python
链接: http://www.python.org/.
(3)MUSCLE
链接:http://www.drive5.com/muscle/.
(4)dnaml
在PHYLIP文件夹下的exe目录中
链接:http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html.
2.2 安装步骤
在本链接中提供了一步步的安装方法,可以按照官方的步骤进行安装
http://chibba.pgml.uga.edu/snphylo/install_on_linux.html
3 注意事项
3.1 root用户已安装软件
一般服务器已安装了软件, 非root用户不必再安装。在最后安装编译阶段,如果在非root用户下未安装的软件或包,可提供服务器中已有软件的安装路径,例如R,非ROOT用户安装会比较麻烦。