（初学者必看内容）帮你打开通向CADD的大门

近年来，随着新药研究的快速发展，药物设计方法也有了十分明显的进步，目前最新的药物发现除考虑药物的药理活性以外，还同时涉及药物的毒性和吸收、分布、代谢、排泄过程，从而提高发现效率。随着对高通量筛选研究的不断深入，随着对筛选模型的评价标准、新的药物作用靶点的发现以及筛选模型的新颖性和实用性的集成创新，计算机虚拟筛选已成为药物设计的越来越重要的辅助手段。

（一）培训时间：

CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接（蛋白-蛋白、蛋白-多肽等）

2023年5月19日-5月21日 2023年5月26日-5月28日 在线直播（授课6天）

（二）培训大纲：

第一天上午

生物分子互作基础

1.生物分子相互作用研究方法

1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理

1.2 分子对接研究生物分子相互作用

1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用

蛋白数据库

1. PDB 数据库介绍

1.1 PDB蛋白数据库功能

1.2 PDB蛋白数据可获取资源

1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性

2.PDB 数据库的使用

2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载

2.2 靶点蛋白结构序列下载

2.3 靶点蛋白背景分析

2.4 相关数据资源获取途径

2.4 批量下载蛋白晶体结构

第一天下午

蛋白结构分析

1. Pymol 软件介绍

1.1 软件安装及初始设置 1.2 基本知识介绍（如氢键等）

2.Pymol 软件使用

2.1蛋白小分子相互作用图解

2.2 蛋白蛋白相互作用图解

2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示

2.4蛋白及小分子结构叠加及比对

2.5绘相互作用力

2.6 Pymol动画制作

实例讲解与练习：

（1）尼洛替尼与靶点的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并导出结合模式图

（2）制作结合口袋表面图

（3）Bcr/Abl靶点的PDB结构叠合

（4）制作蛋白相互作用动画

（5）针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物