TargetFinder下载使用---miRNA靶点识别

TargetFinder下载使用—miRNA靶点识别

1. 软件下载安装

GitHub中下载zip文件压缩包，解压后，进入文件夹

unzip TargetFinder-master.zip
cd TargetFinder-master/

软件运行依赖

Perl (v5.8+)
FASTA35 binaries from (http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_down.shtml)

FASTA35链接中下载的是FASTA36了（2022-3-11），可以找到FASTA35的版本链接：

https://fasta.bioch.virginia.edu/wrpearson/fasta/fasta33-35/

也有看到其他人使用FASTA36软连接为FASTA35，这样都是可以的，安装FASTA35软件需要编译后加入PATH变量：

## 查看fasta35软件包的README文档可以知道安装使用方法
   cd src
   make -f ../make/Makefile.linux_sse2 all

## 加入环境变量
cd ../bin/
export PATH=`pwd`:$PATH

2.软件使用

经过上面的操作，就能正常使用了：

./targetfinder_threads.pl 
TargetFinder (threads): Plant small RNA target prediction tool, parallelized with threads.

Usage:   targetfinder_threads.pl -f <FASTA file> -d <target database> -o <output file> [options]

Options: -f <file>    Input small RNA sequences file (FASTA-format)
         -d <file>    Target sequence database file (FASTA-format)
         -o <file>    Output file. Stores collective results
         -c <float>   Prediction score cutoff value (DEFAULT = 4)
         -t <int>     Number of TargetFinder threads/CPUs to use (DEFAULT = 1)
         -p <str>     Output format for small RNA-target pairs (DEFAULT = 'classic')
                      Available options: 'classic' (Original TargetFinder base-pairing format)
                                         'gff'     (Generic Feature Format)
                                         'json'    (JavaScript Object Notation)
                                         'table'   (Tab-deliminated Format)
         -r           Search reverse strand for targets?. Use this option if the database is genomic DNA.
         -h           Print this menu

## 测试软件
./targetfinder_threads.pl  -t  10   -f ./miRNA.fasta  -d  test.fa  -o test.gene.txt

以上，这样就可以使用这个软件预测miRNA的靶点了。

参考：

1. https://github.com/carringtonlab/TargetFinder