multi-format of sequencing

最新推荐文章于 2023-10-18 20:13:29 发布
最新推荐文章于 2023-10-18 20:13:29 发布
阅读量402 收藏
点赞数
分类专栏： 基础应用 数据格式 文章标签： 数据格式 转换
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/chen_amiao/article/details/54923764
版权

想总结这个是因为，看到群里有人在问如何将fastq转为sra格式文件。觉得可以写篇博客，后期有时间将各种格式的转换专门放到这篇博客里，慢慢积累。

测序数据格式 （找找网上总结好的）

如果你是从NCBI上下载的公共数据，则在使用前必须要将sra格式转为fastq，sratoolkit可以完成，代码如下：

/public/users/***/software/sratoolkit.2.7.0-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-3 $indir/SRR***.sra -O /public/users/***/SRR***

双端数据使用 -split-3，分出的结果为SRR***_1.fastq，SRR***_2.fastq两个文件，若有不为成对出现的read则会出现第三个文件

fastq转为sra文件格式：
https://www.mothur.org/wiki/Make.sra

chen_amiao
关注
专栏目录
基于RNA-seq的基因表达分析
xxxxx
09-23 1万+
我的青春     最近在做一些小麦基因的表达分析，想到使用RNA-seq的数据进行生物信息学分析，并且比我做实验用的组织还要多。     下载数据之后，首先要对数据进行低质量序列和载体序列等污染序列去除，我这里结合了两个软件AdapterRemoval和bbduk2, bbduk2是bbmap中的一个子程序。AdapterRemoval --file1 input1.fastq.gz --fil
next-generation sequencing analysis method——paper3
weixin_42953727的博客
10-02 598
Abstract: available software to align reads to a reference; use resulting alignments to call, annotate, view, and filter small sequence variants; variant calling includes read alignment with novoalig...
css viewer formater,lav_format.html
weixin_33795883的博客
08-03 202
/p>"http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">LAV Formatbody { margin: 0 4% 0 3%;color: black; background-color: white }p.vvlarge { margin-top: 6ex; margin-bottom: 0 }p.vlarge ...
【论文复现】基于多模态深度学习方法的单细胞多组学数据聚类（【生物信息学】实验二：多组学数据融合：scMDC）
最新发布
天地玄黄 魑魅魍魉 风花雪月 商角徵羽 暂时停更 十月重见
10-18 2491
本文复现了：基于多模态深度学习方法的单细胞多组学数据聚类
top-100-of-the-best-useful-opensource-applications/
weixin_34177064的博客
01-11 2034
 top-100-of-the-best-useful-opensource-applications/ http://www.ubuntulinuxhelp.com/top-100-of-the-best-useful-opensource-applications/   The following is a list of about 100 of the best OpenSource Ap...
文件格式大全
热门推荐
听星的专栏
05-24 3万+
更新时间 2019-5-24 Wiki上的一篇各种格式的列表 原始连接 需要翻墙 List of file formats See also: List of filename extensions This article may be in need of reorganization to comply with Wikipedia’s layout guidelines. Please h...
PBSIM-PacBio-Simulator
wangprince2017
10-05 568
This Repository This repository was created because theGoogle Code repositoryprovided by the original authors is not being maintained, and Google Code is now defunct. About PBSIM PacBio sequencers produce two types of characteristic reads as below. C..
LAV format
weixin_30776545的博客
01-29 200
Introduction Example Stanza Types D Stanza S Stanza H Stanza A Stanza X and M Stanzas Census Stanza Introduction LAV is a plain-text file format for alignments of two DNA sequenc...
Hi-C data analysis tools and papers
qq_39306047的博客
01-10 1万+
Hi-C data analysis tools and papers 全文链接如下： https://github.com/mdozmorov/HiC_tools Tools are sorted by publication date, newest on top. Unpublished tools are listed at the end of each section. Related repositories: HiC_data, scHiC_notes. Please, open an is
Metalink Note:中文文档列表 - Oracle EBS (Enterprise Business Suite) [ID 1553829.1]
田攀的日志
06-08 1万+
Oracle中国的技术支持团队正在把一些常见Oracle EBS的Metalink Notes翻译成中文，这肯定会大大提升用户的使用体验，毕竟还是绝大多数用户，技术人员还是习惯阅读中文的技术文档。大家可以记住这个Document ID:1553829.1 - 中文文档列表 - Oracle EBS (Enterprise Business Suite) ，方便查阅。制造(MFG:Manufactu
数据分析-学术前沿趋势分析-论⽂数据统计
绒绒的Routine
01-13 1958
论文数据统计 1  数据集简介2  arxiv论文类别介绍3  具体代码实现以及讲解3.1  导入包并读取原始数据3.2  数据预处理3.2.1  粗略统计论文的种类信息3.2.2  判断共出现多少独立种类3.2.2.1  代码解释4  数据分析及可视化4.1  查看所有⼤类的paper数量分布4.1.1&nb
Oracle EBS R12实用配置文件列表
苏南生的CSDN博客
11-24 6886
Profile Options in Oracle Application Object Library This section lists each profile option in Oracle Application Object Library. These profile options are grouped into categories based on their fu
xilinx zynq-7000 基本知识
嵌入式技术博客
09-01 2万+
Zynq-7000 采用可扩展式处理平台架构（Extensible Processing Platform、EPP），是 Xilinx 用 28nm HKMG 工艺制成的低功耗，高性能，高扩展性的新型芯片，这款新品里面集成了 ARM CORTEX-A9 MPSOC 硬核以及相应的SOC系统。   PS: 处理系统（Processing System),就是与FPGA无关的ARM的SOC的
MEME从安装到使用
chen_amiao的博客
05-10 1万+
一、MEME安装 最新版本的MEME依赖perl 5.10.1版本及以上，所以需要安装perl。 1. 下载perl并安装 download URL 安装follow:tar zxvf perl.tar.gz cd /path/to/your/perl ./Configure -des -Dprefix=/path/to/your/perl -Dusethreads make ##tak
快速获取多物种间的同源基因
chen_amiao的博客
02-23 7709
http://www.ensembl.info/blog/2009/01/21/how-to-get-all-the-orthologous-genes-between-two-species/ follow the tutorial
快速获取想要的基因序列（批量）+后续blast
chen_amiao的博客
02-28 7496
total steps of getting fasta file you need & blast
featurecount 实现
chen_amiao的博客
03-02 3973
featurecount
使用R处理数据难题的一套解决方案
chen_amiao的博客
11-11 672
使用R处理数据难题的一套方案
混合多目标优化算法：基于shuffle frog-leaping与细菌优化的混合算法
"A hybrid multi-objective shuffled frog-leaping algorithm for a mixed-model assembly line sequencing problem" 本文探讨了一种混合多目标问题的优化算法——混合了shuffle frog-leaping算法（SFLA）和细菌...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值