最近算毕业论文数据,然后要使用FSL,前几天在昏昏沉沉的情况下不小心敲下 sudo rm -rf /usr/local Downsloads/fsl,然后整个人凉凉了,本来是想复制文件的,结果悲剧了,我所有软件都放在Local下,然后就没了。。。
然后第二天花了2小时把常用的afni,freesurfer等等给重新安装了,在安装fsl的时候,出现了一点之前没遇到过的问题,所以记录一下,给大家也作个参考。
1、从fslinstaller.py安装fsl,然后下载成功后,stage1花了我5小时,stage2等了1晚上还没动静,之前在这个电脑上安装还挺顺利的,这次不知道是为啥。感觉与python脚本运行慢有很大的原因。然后我就关闭了后续的stage安装。这是前提。
当我输入 flirt -version
的时候,提示报错,缺少依赖库
懵了一下,后来网上搜,才知道新版fsl更新了依赖库。哎,解决方法是安装新库sudo apt-get install libopenblas-dev
,然后flirt -version就会正常出现了。
2、缺少lmglob文件,这个我刚好有以前的fsl/bin/的函数备份,我就直接把imglob.py脚本复制到/usr/local/fsl/bin/下了。
3、/usr/bin/env: ‘python’: no such file or directory
这个bug就有点坑爹了,我whereis python了一下,电脑里有python2, python2.7, python3, python3.8,而且路径都在usr/bin/下,不知道为啥要报错,冥思苦想,网上找资料,才发现原来是fsl的bet脚本里把python的位置和名字给写死了,所以就没搜到,解决方法很简单,作一个软连接骗骗脚本:
sudo ln -s /usr/bin/python2.7 /usr/bin/python
结束。