linux服务器conda环境打包和移植

已于 2023-12-05 01:41:26 修改
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文章标签： linux conda ubuntu
于 2023-11-10 16:10:57 首次发布
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跑cell2location，手上的linux服务器上没有配置GPU，要转移到有配置GPU的服务器，本身有配置单细胞测序用的python环境带了scanpy和cell2location等包，重新一个个安装包太麻烦还可能有各种版本冲突，直接移植环境是个比较方便的选择。

打包conda环境

首先进入要打包的conda环境

conda activate scanpy_enivr

看下环境里有没有conda-pack这个包 

conda list

 如果没有，就用pip命令或者conda命令安装，不过往往pip安装会快一些

pip install conda-pack

现在可以打包当前的环境了

conda pack -n scanpy_enivr -o scanpy_enivr.tar.gz

移植环境

把压缩包传到另一个服务器后，找到conda存放虚拟环境的位置，一般在miniconda3的下级目录envs里，把包放在这里，创建一个环境命名的文件夹，解压缩到这个文件夹，就完成了移植，

cd miniconda3/envs/
mkdir -p scanpy_envir
tar -xzf scanpy_envir.tar.gz -C scanpy_envir

下列命令可以检查是否已经移植成功了，成功后运行该命令会有移植的环境出现

conda info -e
conda activate scanpy_envir

umap和tsne很配
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