蛋白质-蛋白质相互作用
文章平均质量分 90
看过的PPI论文的梳理
李划水员
这个作者很懒,什么都没留下…
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Transfer Learning for Predicting Virus-Host Protein Interactionsfor Novel Virus Sequences 论文梳理
作者:弗吉尼亚大学和谷歌的大佬期刊:ACM-BCB(一个会议,在国内很少投,IF:2.3,国外更认可)发表时间:2021.6.80.1. 本文贡献: 1 )提出DeepVHPPI,这是一种新的基于蛋白质序列的深度神经框架,用于预测新病毒蛋白或具有新变异的病毒蛋白的病毒宿主PPI。 2)DeepVHPPI结合了基于自我注意的Transformer架构和迁移学习,用于在新病毒序列的背景下预测PPI。 3)通过验证病毒宿主PPIs在三种病毒类型(SAR...原创 2021-12-07 22:10:32 · 679 阅读 · 1 评论 -
Predicting Protein−Protein Interactions Using Symmetric LogisticMatrix Factorization文章梳理
作者:Pei Fen et.al期刊:Journal of chemical information and modeling时间:2021代码:https://github.com/Fengithub/symLMF-PPI补充文件:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.1c001731 数据集使用8种数据集,具体为两个基准数据集,两个扩展数据集,两个组织特异性数据集和两个疾病特异性数据集注:构建阳性数据集去除同源性大于等于4原创 2021-11-21 21:33:36 · 1156 阅读 · 0 评论 -
LD(Local descriptor)
LD(Local descriptor)是一种无需序列比对的方法,其效力在很大程度上取决于潜在的氨基酸分类。1 划分区域首先将每个蛋白质都会划分成10个区域,通过计算10个区域的 组成(Composition, C) 过渡(Transition,T) 分布(Distribution, D) 构建蛋白质序列特征向量。10个区域的划分分别是4均等分(A-D),2均等分(E-F),中间50%(G),前75%(H),后75%(I),中间75%(J)2 分类依据氨基酸侧链的偶极性和体积,...原创 2021-11-11 21:41:18 · 467 阅读 · 0 评论 -
Deep neural network and extreme gradient boosting based hybrid classifier for improved prediction 梳理
作者:Satyajit Mahapatra等期刊:IEEE TCBB时间:2021.050 写在前面的疑惑1 动机了解生命的行为过程和致病机制,了解蛋白质-蛋白质相互作用至关重要。2 贡献1.)本文采用深度神经网络(DNN)和极端梯度boosting分类器(XGB)相结合的混合方法预测PPI。2)采用ACC+CT+LD的方式3)实验丰富,既包括种内,又包括种间。4)还可以为信号通路分析、预测药物靶点和理解疾病发病机制提供新的见解3 模型3.1 数据库为了进原创 2021-11-11 21:30:44 · 1254 阅读 · 0 评论 -
Multi-scale Convolutional Neural Networks for the Prediction of Human-virus Protein Interactions 梳理
作者:张子丁教授团队会议:The 13th International Conference on Agents and Artificial Intelligence (ICAART 2021)时间:20210 写在前面的不明白1)作者介绍数据库时,有To obtain high-quality PPIs, we removed interactions from large-scale mass spectroscopy experiments that were detected ..原创 2021-11-04 22:22:55 · 800 阅读 · 0 评论 -
A deep-learning framework for multi-levelpeptide–protein interaction prediction文章梳理
作者:清华大学的曾坚阳老师团队期刊:Nature Communication时间:2021.9.150写在前面的疑惑1)模型中,三个分类通道有一个分支将输出结果给与数字通道,目的是什么?1动机多肽通过与多种蛋白质相互作用并参与许多细胞过程,如程序性细胞死亡、基因表达调控和信号转导,因此,多肽在人类生理中发挥着至关重要的作用。由于其安全性、良好的人体耐受性,以及良好的灵活性和构象刚性之间的平衡,目前,肽已成为设计新的其他药物的良好起点,而准确识别肽蛋白相互作用(pepis)对这类疗法.原创 2021-10-10 22:24:57 · 1353 阅读 · 2 评论