smsMap：高覆盖率的三代序列比对算法-会议报告PPT

本文来自“生信算法”公众号。

        2021年12月3-5号，有幸参加第六届中国计算机学会生物信息学会议并做分会场报告，会议地点在山东青岛。报告题目是：smsMap: mapping single molecule sequencing reads by locating the alignment starting positions。是我们去年的做的一个小工作，一个简单的三代序列比对算法。可以帮助入门者学习，有需要发小文章或者着急毕业的同学可以进行相应改进并发表文章。

        序列比对是生物数据最基本的操作，但同时也是最耗时的，因为需要构建打分矩阵。三代测序序列长度长，错误率高，需要针对性的开发三代序列比对算法。目前三代序列主要采用“种子-延伸”思想，但其大多数序列比对算法只得到局部高质量比对结果，没有得到“end-to-end”的比对结果，比对覆盖率较低，为此，我们开发了一款基于种子定位的三代序列比对算法smsMap，可以提高比对覆盖率，同时对测序错误有一定的鲁棒性。

        以下是我的报告PPT，希望对同学问有所帮助，有什么问题可以在后面加我微信互相交流。也恳请各位专家老师批评指正。

总结

        目前我们还在沿着这个工作在做，主要是如何处理结构变异体的问题，以及如何有效检测结构变异体。这篇文章生物信息的内容很少，纯粹是以一个计算机角度的思路在做，还是缺乏生物方面的知识。希望看到本篇文章的生物背景的同学或者老师可以相互交流，你有问题，我们有解决方法，期待合作

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参考资料：

1. Wei Z G , Zhang S W , Liu F . smsMap: mapping single molecule sequencing reads by locating the alignment starting positions. BMC Bioinformatics, 2020, 21(1).