手把手教你用R语言快速制作出SCI中的表一

SCI里常见这样的表格一，表明人群基线资料，通常都是分段表示，可这样的表格是怎么做出来的呢？

在既往SPSS教程中，我们已经教大家使用SPSS对变量进行分组转换做出SCI表一，但是使用SPSS需要对每个变量单独进行计算，然后手动输入制表，在变量比较多的，数据比较大的文件比较麻烦，今天我们来使用R语言轻松做出SCI中的表一
首先打开我们的数据，是一个炎症因子和肺炎发生相关的数据， fy为是否肺炎，age为年龄，tj为痰液检查，sex为性别，其他是炎症指标。我们打算用性别做分组列出基线资料

需要用到foreign、tableone这两个R包，必须事先下载好，我们先把R包和数据导入

library(tableone)
library(foreign)
bc <- read.spss("E:/r/test/sci1.sav",#生成了bc这个数据
                use.value.labels=F, to.data.frame=T)

先把数据生成表格并且输出看一看（这一步其实不做也可以）

tab1 <- CreateTableOne(data = bc)
print(tab1)

目前数据还是以连续变量表示（均值加减标准差），没有区分出分类变量
我们需要汇总所有变量及定义分类变量

dput(names(bc))#把bc数据集所有变量导出，这样省去打字的麻烦
allVars <-c("TNF", "IL6", "sTREM1", "PCT", "fy", "xs", "tj", "sex")#所有变量定义为allVars
fvars<-c("tj", "sex","fy")#分类变量定义为fvars

建立表格2，strata表示使用什么变量进行分类显示，我们这里使用sex, 如果是连续变量的话要预先进行分组，也可以事先用SPSS分好，factorVars这里填入分类变量，addOverall表示加入汇总信息

tab2 <- CreateTableOne(vars = allVars, strata = "sex" , data = bc, factorVars=fvars,
                       addOverall = TRUE )
print(tab2)#输出表格

含有SCI的表一就这样轻松做出来了，我们稍加修改就可以用于发表了。
但是有些同学可能会问，这里的都是正态分布的数据，如果我的数据是如果我的是非正态的整么办？
我们这里假设：TNF是非正态的连续数据，分类变量都是非正态的

bb<- c("TNF")#我们先给他标记一下，bb是非正态的
##使用nonnormal来指定谁是非正态数据 exact定义分类变量
tab3<- print(tab2, nonnormal=bb, exact = fvars, quote = FALSE, 
             noSpaces = T, printToggle = F, showAllLevels = T)
tab3

最后把文件输出，并打开表格

write.csv(tab3, file = "1.csv")

把表格拷贝入word

最后把表格进行美化一下

这样，可以用于发表的SCI表一就做出来啦，完美，收工
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