如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列

最新推荐文章于 2024-09-05 10:00:22 发布
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本文介绍了如何从UCSC数据库提取人类转录本的3'UTR区域序列，包括使用UCSC table browser的具体步骤以及手动操作的两个关键步骤：确定3'UTR位置和从基因组提取序列。同时，通过NM_033487转录本实例解释了3'UTR的定义。
摘要由CSDN通过智能技术生成

 

如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列

在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候，大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取，所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可；

那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢？

在UCSC数据库中，提供了3'UTR区序列的下载，以人类hg19为例, 利用table browser 浏览器选择对应的序列

链接：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

按下图所示进行选择

点击get output 按钮，在弹出的

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dengximo9047
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