Ensemble-BioMart:得到基因注释信息（有参考基因组的物种）

最新推荐文章于 2024-09-01 19:54:08 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： 生物信息学
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版权
本文介绍了如何利用Ensembl BioMart查询基因的不同编号系统，如从NCBI编号查询Ensembl编号，以及如何获取基因的英文简写和基因组坐标。对于非模式物种的基因功能注释，提到了特定物种如水稻和小麦的资源，并详细解析了Ensembl BioMart的使用步骤，包括选择数据集、过滤和属性设置，以获取基因的注释信息。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

可能的疑问

  • “我知道一系列基因的NCBI编号，如果我要查询ensemble编号该如何查询？”
  • “我知道一系列基因的ensemble编号，如果要查询这些的英文简写（symbol），以及其对应的基因组坐标，该如何处理。”
  • “非模式物种如何找到对应的GO注释，Blast2GO自己配置不了，网页又太慢”

要做的事情

Ensemble-BioMart的使用

简介

工具：Biomart

地址：http://asia.ensembl.org/biomart/martview/

功能：Biomart是ensemble数据库中下载数据的子模块，它提供了批量下载ensemble数据库中的基因信息数据

使用

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  • 1.下拉菜单可以根据科研的需要选择Ensemble Genes51（基因信息），EnsembleVariation51（突变信息），2个可供选着功能数据。在这里我们一般选择 Ensemble genes84（备注：51是版本号）
  • 2.点击Ensemble Genes51后，会出现第二层级的下拉菜单，让你选择需要下载的数据集
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  • 出现物种名称，可以根据研究的需要选着需要下载数据的物种名称，在界面的左边出现可供选择功能，Filters，Attributes。
  • Filers主要是对基因进行预先选择。如果你想了解整个基因组的信息，Filters这个步骤可以跳过。
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结果呈现

【Methods】Accessing Ensembl annotation with biomaRt
小哲的博客
10-09 1097
Accessing Ensembl annotation with biomaRtIntroduction Mike L. Smith, Steffen Durinck, Wolfgang Huber 12 August 2021 Package: biomaRt 2.49.4 Introduction
2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章 序列数据的获取 下）
11-03 1431
2.7 基因组浏览器 三个主流基因组浏览器：Ensemble、UCSC和NCBI 基因组组装 定义： 所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。 内容： 对基因组的注释，如起止位点、外显子、DNA重复元件或其他基因组特征。 基因组参照联盟（GRC） 维护人类、小鼠和斑马鱼的参考基因组。 对基因组组装需要明确几点： 每个染色体的起止位置是什么 基因组序列中包括多少gap区域，能否被弥补？ 基因组上的结构变异位点如何
生物信息学三大数据库NCBI-ENSEMBL-UCSC
watermel__的博客
05-18 3万+
NCBI NCBI (National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心）于1988年11月4日建立，是NIH（美国国立卫生研究院）的NLM（国立医学图书馆）的一个分支。目的是通过提供在线生物学数据和生物信息学分析工具来帮助人类更好的认知生物学问题。 目前有将近40个在线的文库和分子生物学数据库，包括：PubMed, PubMed Central, and GenBank等。网址： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
从Ensembl下载基因组
Vicbear的博客
10-17 4213
植物参考基因组：http://plants.ensembl.org/index.html。动物参考基因组：http://asia.ensembl.org/index.html。其他真菌细菌等参考基因组：http://ensemblgenomes.org/下载cds需要先选择parent directory（返回上一级）基因注释文件gff和gtf文件需要在上界面点。下滑菜单common name发现大黄鱼。选择gff3 gtf下载所需基因注释文件。选择进入cds、pep文件下载。
ensembl数据库BioMart使用，查找转录本ID在ensembl与refseq中的对应关系
qq_42962326的博客
04-20 5642
如何查找 转录本ID在ensembl与refseq中的对应关系 Ensembl数据库地址： http://grch37.ensembl.org/index.html 进入BioMart 选择DataSet 点击左侧 Filter 可以选择一些条件 点击Attributes 点击GENE选择特征 ，勾选 Gene name , Transcript name 点击EXTERNAL， 在 External References 中选择需要转换对应的外部数据库的种类信息，勾选 Refseq的转录本ID
TCGA数据库ensembl id 转为 gene Symbol，提取出需要的RNA种类表达谱列表信息
倚树探星的博客
04-17 2695
参考：TCGA数据库ensembl id转为gene Symbol,提取出需要的RNA种类表达谱列表信息 1、打开TCGA首页，在选择 Documentation 2、选择 Data 下的 mRNA 3、进入 gencode ：Release 36 (GRCh38.p13) 4、选择下载文件 5、下载内容展示（图一为Comprehensive gene annotation | ALL，图二为 lncRNA）。从文件内容中筛选出来自己所需类型的基因就ok了（图一需要筛选所需的基因类型，图二均为.
Ensemble查看基因的外显子信息，并根据染色体位点判断是第几号外显子
weixin_51192038的博客
11-29 1万+
Ensemble查看基因的外显子信息，并根据染色体位点判断是第几号外显子 最近遇到一个困扰，就是在分析一些数据的时候，可以分析出它的染色体起始位置和终止位置，但是并不能知道该位点具体位于几号外显子上，整理了下查找步骤。 1）打开ensemble官网 https://useast.ensembl.org/index.html 选择物种，点击进入页面 2）选择对应的ensemble版本的注释文件，我的分析用的是GRCm38版本的信息，所以我选择了GRCm38的 根据图片步骤进行查询 3）搜索结果，点击进入
操作记录-2020-09-27：xiaxianyou_RNA_seq
垚垚爸的博客
09-27 1187
1. 检查上传数据的完整性 操作记录如下： #显示各数据的完整性代码 (base) zexing@DNA:~/projects/xiaxianyou/RNA_seq/2020_09_23/cleandata$ cat *.txt ea24c0a81c3b146f52180d03fb387f54 s4301_FKDL202588235-1a_1.clean.fq.gz 44e7699dc34c62f7947e4288ea1f0f72 s4301_FKDL202588235-1a_2.clean.fq.gz
基因ID
liufeichendi的专栏
12-16 2万+
各类基因ID转换基因ID分类 Ensembl的目标是为遗传学家，分子生物学家和其他研究人员研究我们自己的物种和其他脊椎动物和模式生物的基因组而提供集中的资源。Ensembl是几个知名的基因组浏览器之一，用于检索基因组学信息。 相似的数据库和浏览器还被发现在美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）(Entrez
从Fastq文件开始的转录组上下游分析 -下
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以下展示了样本hclust 图、距离热图、PCA图、前500差异性大的基因热图、相关性热图（选取了500高表达基因，防止低表达基因造成的干扰），确定我们不同样本间确实是有差异的。这些图并不是全都是必须的，它们全都是为了说明一个问题：我们的不同分组间确实存在差异。如果这三张图出现的结果是各个处理组之间，能聚集起来，和其他组分开。再进行PCA分组等之前，先使用R语言合并上一步中features输出的txt文件。以下使用R语言。
如何在Ubuntu上使用Ensemble数据库Biomart预测目标基因可能结合的转录因子
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ensembl数据库mysql图_Ensembl自动基因注释系统
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As more genomes are sequenced, there is an increasing need for automated first-pass annotation which allows timely access to important genomic information. The Ensembl gene-building system enables fas...
已知转录本test.ID，根据biomart包批量获得ensembl数据库中对应序列信息，并以fa格式输出
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biomaRt访问生物数据库
Mrrunsen的博客
08-05 1203
它提供了一种方便的方式来检索和获取基因注释信息、转录本、蛋白质和基因组位置等相关生物学数据。通过biomaRt，您可以将大量的生物学信息集成到您的R分析中，从而使生物学研究更加高效和便捷。以下是一个简单的biomaRt教程示例，包括连接数据库、查询注释信息和结果可视化。：从数据库中选择感兴趣的数据集和基因。：首先，选择适合您的研究的数据库，通常是Ensembl数据库。函数查询和获取基因的注释信息，如基因功能、基因组位置、转录本信息等。：最后，对查询结果进行解释和可视化，以便于理解和展示分析结果。
人鼠同源基因列表转换
weixin_56577499的博客
06-03 2430
Ensemble数据库获取人鼠对照基因进行人鼠基因列表转换
详解如何获取物种所有基因对应的GO注释
庐州月光的博客
11-02 2万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》！ Gene Ontology是研究基因功能的重要数据库之一，在进行GO的富集分析时，需要提供所有基因对应的GO注释信息，本文介绍几种获取该信息的方式 1. 从GO官网进行下载 官网提供了几种常见物种对应的GO注释信息，文件格式为GAF, 下载链接为 http://www.geneontology.org/page/download-go-annotations...
一文读懂参考基因组和基因组注释+最全下载方法
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Baimoc
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文章目录一、什么是参考基因组和基因组注释？二、参考基因组版本命名1、常用人参考基因组对应表2、常用小鼠参考基因组对应表三、下载1、NCBI2、Ensemble3、GENCODE4、UCSC5、iGenomes四、其他参考基因组信息 一、什么是参考基因组和基因组注释？ 先来理一理参考基因组，基因组注释文件，测试数据间的关系。 自从 1990 启动的家喻户晓的人类基因组计划开始，全世界的科学家竭尽全力破译了第一个完整的人类基因组，从那时开始人类拿到了一本只有 ATCG 四个碱基书写的天书。后续人们逐步完善了基因
[生信]biomaRt 基因ID的转换
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01-12 1万+
[生信]基因ID的转换Bioconductor系列之biomaRt包的安装选择数据库三个主要函数getBM,getSequence,getLDS几个实用的例子一．对几个基因symbol，注释它对应的EnsembleID和ENTREZID二．对刚才的那三个探针ID号进行多个内容注释，每个探针都对应着基因名已经染色体及起始终止坐标。三．对给定的基因ID号进行GO注释四．通过染色体及起始终止坐标来挑选基...
Ensembl数据库简介
dingsheng56656的专栏
08-30 8180
Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发一种能够对真核生物基因组进行自动诠释（automatic annotation）并加以维护的软件。该计划由英国维康基金桑格研究院及欧洲分子生物学实验室所属分部欧洲生物信息研究所共同协作运营，这是为了回应人类基因组计划即将完而于1999年启动的 。在存在10年之后，Ensembl的目标仍然是为遗传学家，分子生物学家和其他研究人员研究我们自己...
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