python解析gff文件中的转录本

1.下载基因组注释文件，选择对应的版本： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/BUILD.37.3/GFF/ 

2.GTF 为General Transfer Format ，熟悉格式 http://www.huoyunjn.com/wuliuxinwen/2/33709819.htm。

第三列feature - 后面start和end之间区域代表的特征，如果此区域是基因，则此处为gene，如果是外显子，则为exon，如果是转录本，则为transcript，如果是非编码RNA则为lncRNA，如果是重复序列，则为TE，等等，主要表明这一块区域的特征。

3.每一个transcript对应的exon，所有长度加起来就是这个转录本的长度。与这个transcript后面的两列相减是有差别的。

4.用python 字典来统计每个转录本的长度。

import pandas as pd
import pdb
df = pd.read_table(r'C:\Users\guosheng\Desktop\out.gff',sep = '\t',header= None)
out=open('./out.txt','a')
df =