ITS简要分析流程(using Qiime)

Qiime安装

参考资料：http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940101h2rp.html

Qiime script官方说明http://qiime.org/scripts/index.html

一般ITS数据简要分析过程

reference下载：https://github.com/downloads/qiime/its-reference-otus/its_12_11_otus.tar.gz

其中97_* 和99_*分别是相似度97和99的reference

以下过程仅做参考，具体根据详细项目更改，

1   质控 

对数据进行质量控制，去除低质量数据

2   拼接

针对不同平台数据，采用相应的拼接软件拼接，根据contig长度，方差，N50（主要）等指标使用最佳k-mer值

3   pick_otus.py 

官方文档：