PCoA主坐标分析

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1   背景介绍

这是一种排序方法。假设我们对N个样方有了衡量它们之间差异即距离的数据,就可以用此方法找出一个直角坐标系(最多N-1维),使N个样方表示成N个点,而使点间的欧氏距离的平方正好等于原来的差异数据。

由于样方间的差异数据可以由各种方式给出，只要对一些差异进行定量描述，如甲型，乙型，丙型等，就可以求出样方的数量坐标，实现定性到定量的转变。

主坐标方法简单、明确、效率很高。它与主分量分析一样,最后找出的坐标系不仅正交, 而且第一轴、第二轴……依次按N个点在该轴上的方差大小顺序排列,N个点对不同两个轴都不相关。所以也可用较少的维数,特别是直观的二、三维空间去排列样方,而使信息的损失最少。

它与主分量分析不同之处在于:不是先给出N个点的坐标,去找出刚性旋转的坐标;而是只知其间的距离要去重新建立各点的坐标。因此可以不限于度量(metrtic)的相似系数公式,Pernitec(1977)采用数量数据对于寒温带森林和草地进行主坐标分析,他认为非度量(non-mertic)相似系数比度量相似系数效果更佳。

2    PCoA计算步骤

1           构成差异矩阵M