Vasp进行分子动力学模拟关键词解析及计算示例1

针对周期性体系的分子动力学模拟（包含计算所需输入文件）

通过vasp进行分子动力学的计算需要进行以下具体步骤：

1 选择一个足够大的晶胞制作成POSCAR，原子数越多越好（100个以上），一般k点较小值即可，可以是一个k点，也就是使用Gamma点。

2 可以将计算得到的CONTCAR复制到POSCAR，CONTCAR可能提供初始速度。如果没有初始速度，动力学计算会提供一个随机初始速度，这样得计算并没有问题，但是应该注意，由于初始速度的随机性，不同计算获取的运动轨迹或者相关参数会有较小出入。

3 INCAR文件的关键设置：

IBRION=0 #启动分子动力学计算

POTIM=1 #分子动力学步长，一般1fs

NSW=10000 #设置动力学步数

TEBEG=298 #设置初始温度

TEEND=298 #选择设置，默认和初始温度一致

MDALGO=0 #用什么恒温器来做动力学计算，对于常规动力学计算，一般用一位数代表， (e.g. 1 for Andersen, 2 for Nose-Hoover, 3 for langevin thermostat etc.)，对于特殊需求的动力学，在vasp6或更高版本恒温器的选择用同样方式。对于5.x版本，是通过两位数来描述，其中第一位对应常规分子动力学恒温器，第二位对应动力学类型（e.g. 11 metadynamics with Andersen thermostat, 21 metadynamics with Nose-Hoover thermostat, 31 metadynamics with Multiple Anderson thermostats etc.）。其中，NVE是一种特殊情况，通过选择Andersen恒温器，且设置热浴过程与恒温器无碰撞（ANDERSEN_PROB=0）

ISIF=2 # 2代表NVT模式，3代表NpT模式，这个参数往往配合MDALGO使用，参考下表（VASP使用说明截图：https://www.vasp.at/wiki/index.php/Molecular_dynamics_calculations）：

附加关键词：

NBLOCK=1 #多少时间步长写一次CONTCAR，CHG和CHGCAR，PCDAT。

KBLOCK=50 #NBLOCK*KBLOCK个步长写一次XDATCAR。

ISMEAR=-1 #费米狄拉克分布，0为高斯分布

LREAL=A #官方推荐用A或Auto

SIGMA=0.05 #单位：电子伏特

EDIFF=1E-5 #用较小精度即可，该精度对第一个离子步自洽影响较大

LCHARG=F #无需电荷密度计算，CHG文件过大

ALGO=VeryFast #或者IALGO=48，RMM-DIIS算法加速，适合原子数较多体系

ISYM=0 #VASP计算不使用对称性，但是会假设φk=φ*-k，以减少布里渊区的采样，加速计算。

SMASS=-3 #控制动力学过程的速度，-3代表NVE ensemble（注：这个选择只针对MDALGO=0的情况，是一种过时的描述），官方手册建议NVE_ensemble使用MDALGO=1和ANDERSEN_PROB=0.0；-2代表初始速度为常数，保持不变，这方便于计算一组不同的线性相关位置的能量（例如冷冻声子或具有不同键长的二聚体等，注：实际速度=POTIM*（POSCAR中读入的速度），所以为了避免与实际情况不符，该模式下POTIM设置为1最佳）；-1用以模拟退火过程；≥0属于NVT系综。

以下是我计算的INCAR文件模板，可在此基础进行修改，关键词意义请参考上文，以下模拟的是一个Cd金属原子在MOF材料Uio-66中298K条件下跑10000fs的动力学过程，所有输入文件（包含INCAR/KPOINTS/POSCAR/POTCAR文件）已打包，请自行下载（链接：https://pan.baidu.com/s/1R16ZcGf8tG_IuZFQGuyK9w 
提取码：qsuc）：

System=MD
IBRAIN=0
POTIM=1
NSW=10000
TEBEG=298
TEEND=298
MDALGO=0
ISIF=2
NBLOCK=1
KBLOCK=50
ISMEAR=-1
SIGMA=0.05
EDIFF=1E-5
LCHARG=F
SMASS=-3
PREC=Normal
LREAL=Auto
IALGO=48
ISYM=0

NPAR=4    #可加快并行效率

模拟得到部分轨迹图如下：

该过程中能量波动如下：

恒温器温度波动如下：

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