【科研知识分享】一分钟看完分子动力学计算全流程

分子动力学计算流程：

系统容量

在进行分子动力学计算前，必须先估计运 算的可行性，一般分子动力学计算的容量 为数千个原子级别，如果系统过大则超出 计算的范围。

对于N个原子的系统，每计算一步需要计算 1/2N(N+1)组远程作用力，这是运算过程中 最耗时的部分，若原子增加一倍，计算时 间则为1/2×2N(2N+1)为原来的四倍多。

研究对象所处的时间范围：

通常分子动力研究所选取的积分步长为飞秒fs ( 1fs=10-15s)，若以目前一般的个人工 作站或较强的个人电脑从事1000个原子系统的计算，累积100万步即研究10-9s ( 1ns)的 时间范围，（需要两星期的时间?）

因此从实际的角度来讲，分子动力学适合研究反应或运动时间小于1ns的体系，而不适合较慢的反应或运动。例如蛋白质折叠 在10-3s ( 1ms)级别 ,则需要非常长的时间。

计算过程

执行分子动力学计算时，将一定数目的分 子放在一定形状的盒子中，并使它的密度 和实验密度相符合，再选定实验的温度， 即可以着手计算。

通常是将分子随机的放置在盒子中，或是 按照其结晶位置排列，这将作为分子动力模拟的初始位置。计算开始时，还必须知道原子的初始速度。系统中所有原子速度产生的动能总和应 当满足玻尔兹曼分布：

式中N为原子数目， T为热力学温度， kB为 玻尔兹曼常数。原子速度可以按此式随机产生，而总动能 符合3/2NTkB即可。

由初始位置和速度开始，计算每一步新的速度和坐标，再由新的速度计算系统的温度：

如果得到的速度过大或过小，则会使得到 的温度大于或小于设定的温度多，这时 需要校正速度，一般所允许的温度范围为

如果计算的温度超过允许范围，则将所有

原子的速度乘以一个校正因子：

使系统温度重新调整为设定温度：

实际的计算中，开始时每隔几步就需要校正一次，随着计 算的进行，校正间隔逐渐增加到几千步，一直到原子速度 不需要校正，而系统动能在3/2NTkB上下10%浮动，此时 系统已经达到了热平衡。

在到达热平衡之前的轨迹信息和速度不需 要保存，因为那时的物理意义不严格，真 正对我们有意义的是达到平衡后的系统信 息。

•  通常的分子动力学模拟需要累积数百万步 以供分析，因而会产生极大的存储。

•  以1000个原子为例，储存每步的位置和速度约要10kB空间，则10000步需要100MB。

•  因为分子动力学计算的步长很短，每一步 移动的距离也很小，通常每隔10~20步存储 一次来节省硬盘空间。

NVE系综的  一般性分子 动力计算：

分子动力计算的初始设定：

执行分子动力学计算时，必须选择恰当的 初始条件，如恰当的初始温度、初始速度 、初始位置和积分步长等，如果初始条件 选择不当则会浪费很长的时间才能达到热 平衡，或者说根本达不到平衡。

初始结构：

初始结构的选取以越接近模拟体系的理想 结构越好。如要模拟体心立方的固体系统 时选取了面心立方作为初始结构，便是不 明智之举。

通常在模拟前作一些实验，降低系统的局 部高能区，使其接近于能量最低点的理想 结构，避免计算中由于偏离理想结构太多 而导致失败。

对于均匀相的液体，通常选用它的固相晶体结构作为初始模型，如果有XRD实验得 到的结构数据，则可以直接采用；如果没 有，通常采用均匀分布的面心立方结构排 列这些分子或原子。

对于分子系统，通常将分子的质心放在面心立 方的格点上，分子的取向视系统而定。对于小分子可以随意指定其方向，如水和二氧 化碳分子等；

对于大分子则考虑取向时以不发生重叠为宜。

对于复杂液体，通常参考XRD或NMR实验 得到的结构位置，或者采用分子力学—— 能量最小化的结果作为起点。

初始速度

通常系统初始速度的产生，是先在-1~+1之间选取 一个呈高斯分布的随机数，再将其乘以系统所有 粒子的平均速度：

即可以得到符合麦克斯韦-玻尔兹曼分布的粒子速 度：

通常在实验前还要检查各方向动量是否为0，避免 计算过程中系统移动而导致能量不稳定。