在Trimgalore中同时运行fastqc,出现以下问题:
在GitHub上正好有一个相关的issue,我按照他们说的方法,调大fastqc运行时的线程数,即可成功运行。问题的产生可能是因为默认用的线程较少,但要处理的数据比较大,造成空间挤占。不过作者也提到,在要处理样本多的时候这样会更加有效。
由于Trimgalore中fastqc参数为默认参数设置,我将这一个样本的trim和fastqc分开跑了。
而且有意思的是,调大线程数可能是一个“治标不治本”的措施。但深层的原理我也不懂。
参考: