240117问题:fastqc报错“java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space“ with FastQC v0.11.9

文章讨论了在Trimgalore中遇到的fastqc内存溢出问题,通过增加fastqc运行时线程数解决了暂时的性能瓶颈。作者指出,虽然这种方法可以缓解,但并非根本解决方案,且在处理大量样本时可能更有效。参考了一个GitHub问题和Javaheapspace的错误信息。
摘要由CSDN通过智能技术生成

在Trimgalore中同时运行fastqc,出现以下问题:

在GitHub上正好有一个相关的issue,我按照他们说的方法,调大fastqc运行时的线程数,即可成功运行。问题的产生可能是因为默认用的线程较少,但要处理的数据比较大,造成空间挤占。不过作者也提到,在要处理样本多的时候这样会更加有效。

由于Trimgalore中fastqc参数为默认参数设置,我将这一个样本的trim和fastqc分开跑了。

而且有意思的是,调大线程数可能是一个“治标不治本”的措施。但深层的原理我也不懂。

参考:

"java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space" with FastQC v0.11.9 · Issue #86 · s-andrews/FastQC (github.com)

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