- 1、首先安装fastqc、multiqc软件在当前环境(minhe)中,跟当前所在的文件夹位置没有关系
- #在当前环境minhe安装fastqc, multiqc
conda install -c bioconda fastqc -y
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#3个do表示安装成功
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#继续安装multiqc
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conda install -c bioconda multiqc -y
- 2、fhdata文件夹是我上传原始数据的文件夹,cd进入/home/data/t210451/RNAseq/fhdata
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cd /home/data/t210451/RNAseq/fhdata
###非常重要要注意,fhdata是我新建的文件夹,用于存储上传的原始数据,在fhdata中建立一个fhfastqc文件夹,用于存放fastqc命令输出的数据;
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同理:理解输入数据和输出数据的位置关系之后,用multiqc命令是基于fhfastqc文件夹的,cd进入fhfastqc文件夹的上一级之后,因此也应该在multiqc命令执行之后的输出文件也应该在fhfastqc文件夹的上一级的下面。因此,fhmultiqc文件夹与fhfastqc文件夹是平行的。文件夹位置(数据存储结构太重要了!!!!!),如下图,会在fhdata下面会自动建立一个fhmultiqc文件夹,下面出现zk_data就成功了。(没有的话再运行一次)
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否则就出出现以下报错。这种情况需要回到fhfastqc的上一级。
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#回到上一级fadata,成功了(如下图)
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输出结果如下图
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- #上图是fastqc的运行界面
- 3、了解fastqc的参数意义
- #fastqc命令:*fq.gz为输入文件夹格式,fhfastqc为输出文件夹
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fstqc *fastq.gz -o fhfastqc/ -t 10
参数含义:
!!!输入文件夹格式要看具体你的原始数据如何命名的:如fq.gz,fastq.gz
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fastqc常见报错
#输入文件*fastq.gz不存在(要么位置/要么命名导致找不到),这里是因为实际你的原始数据的后缀不是这个,把代码改成实际的后缀fq.gz即可
#输出(output)文件夹fastqc/不存在,需提前mdkir建立/服务器后端手动建立一个RNAseq目录下的文件夹fastqc,用于存放输出数据入
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- fastqc not found,指当前环境minhe下面没有安装fastqc软件
- 4、如下图输出文件夹(fastqc)中成功出现一对一的fastqc.zip文件和html格式的文件就是成功了
- 5、下一步就是用multiqc,在此环境下(minhe)安装multiqc和cutadapt.(multiqc的运行依赖cutadapt)
- multiqc fastqc/ -o multiqc -n HMDM #fastqc是multiqc的输入文件夹,mlltiqc是输出文件夹,需新建,也是建在RNAseq目录下;HMDM为指定输出文件前缀名
multiqc fastqc/ -o multiqc -n zk # #zk是质控的拼音,是我自己定义的
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根据实际情况更改为:multiqc fhfastqc/ -o fhmultiqc -n zk
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直接运行报错,依赖typing_extensions
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pip install typing_extensions
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#出现下图就是multiqc运行成功
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#运行成功之后(下图),multiqc文件夹会出现zk前缀的文件
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multiqc报错大赏
报错Q1:ModuleNotFoundError: No module named 'typing_extensions'
A1:pip install typing_extensions #pip命令安装typing_extensions,如下提示
报错Q2:fastqc/文件夹不存在
??
A2:#因为我现在的位置在fastqc里面,所以找不到fastqc/文件夹,哭了。退回到上一级目录下:cd /home/data/t210451/RNAseq,重新执行multiqc fastqc/ -o multiqc -n zk,就成功了~~~~
#期间可用以下代码查看当前程序(multiqc)输出结果
fastqc/ | cut -d " " -f 5-