【一次性看懂fastqc和multiqc的运行代码】输出成功的结果判定、常见报错大赏

• 1、首先安装fastqc、multiqc软件在当前环境（minhe）中，跟当前所在的文件夹位置没有关系
•  #在当前环境minhe安装fastqc, multiqc

  conda install -c bioconda fastqc -y
  

  

• #3个do表示安装成功

• #继续安装multiqc

• conda install -c bioconda multiqc -y

• 2、fhdata文件夹是我上传原始数据的文件夹，cd进入/home/data/t210451/RNAseq/fhdata

• cd /home/data/t210451/RNAseq/fhdata

  ###非常重要要注意，fhdata是我新建的文件夹，用于存储上传的原始数据，在fhdata中建立一个fhfastqc文件夹，用于存放fastqc命令输出的数据；

• 同理：理解输入数据和输出数据的位置关系之后，用multiqc命令是基于fhfastqc文件夹的，cd进入fhfastqc文件夹的上一级之后，因此也应该在multiqc命令执行之后的输出文件也应该在fhfastqc文件夹的上一级的下面。因此，fhmultiqc文件夹与fhfastqc文件夹是平行的。文件夹位置(数据存储结构太重要了！！！！！)，如下图，会在fhdata下面会自动建立一个fhmultiqc文件夹，下面出现zk_data就成功了。（没有的话再运行一次）

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• 否则就出出现以下报错。这种情况需要回到fhfastqc的上一级。

• #回到上一级fadata,成功了（如下图）

• 输出结果如下图

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• #上图是fastqc的运行界面
• 3、了解fastqc的参数意义
• #fastqc命令：*fq.gz为输入文件夹格式，fhfastqc为输出文件夹

• fstqc *fastq.gz -o fhfastqc/ -t 10

  参数含义：!!!输入文件夹格式要看具体你的原始数据如何命名的：如fq.gz，fastq.gz

• fastqc常见报错#输入文件*fastq.gz不存在（要么位置/要么命名导致找不到），这里是因为实际你的原始数据的后缀不是这个，把代码改成实际的后缀fq.gz即可#输出（output）文件夹fastqc/不存在，需提前mdkir建立/服务器后端手动建立一个RNAseq目录下的文件夹fastqc，用于存放输出数据入

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• fastqc not found,指当前环境minhe下面没有安装fastqc软件
• 4、如下图输出文件夹（fastqc）中成功出现一对一的fastqc.zip文件和html格式的文件就是成功了
• 5、下一步就是用multiqc，在此环境下（minhe）安装multiqc和cutadapt.(multiqc的运行依赖cutadapt)
• multiqc fastqc/ -o multiqc -n HMDM   #fastqc是multiqc的输入文件夹，mlltiqc是输出文件夹，需新建，也是建在RNAseq目录下；HMDM为指定输出文件前缀名

  multiqc fastqc/ -o multiqc -n zk  # #zk是质控的拼音，是我自己定义的

• 根据实际情况更改为：multiqc fhfastqc/ -o fhmultiqc -n zk

• 直接运行报错，依赖typing_extensions

• pip install typing_extensions

• #出现下图就是multiqc运行成功

• #运行成功之后（下图），multiqc文件夹会出现zk前缀的文件

• multiqc报错大赏

报错Q1：ModuleNotFoundError: No module named 'typing_extensions'

A1：pip install typing_extensions #pip命令安装typing_extensions，如下提示

报错Q2：fastqc/文件夹不存在

？？

A2：#因为我现在的位置在fastqc里面，所以找不到fastqc/文件夹，哭了。退回到上一级目录下：cd /home/data/t210451/RNAseq，重新执行multiqc fastqc/ -o multiqc -n zk，就成功了~~~~

#期间可用以下代码查看当前程序（multiqc）输出结果

fastqc/ | cut -d " " -f 5-