【单细胞数据】大规模数据集：Tabula Muris

最新推荐文章于 2025-05-13 17:20:00 发布
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分类专栏： 数据集 文章标签： 大数据 细胞数据 单细胞数据 生信分析 单细胞测序
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Mila唐建团队新作：可迁移、可解释的单细胞RNA测序模型
BAAIBeijing的博客
09-26 433
【栏目：前沿进展】近日，McGill大学的李岳老师和魁北克人工智能研究所Mila唐建老师团队共同提出了一种高效、易用、可拓展、可迁移、可解释的模型——scETM，用于单细胞RNA测序工作，...
Tabula Muris 项目常见问题解决方案
gitblog_00366的博客
11-19 669
Tabula Muris 项目常见问题解决方案 tabula-muris Code and annotations for the Tabula Muris single-cell transcriptomic dataset. ...
探索生命科学的微观宇宙：Tabula Muris——单细胞转录组学的瑰宝
gitblog_00034的博客
06-01 512
探索生命科学的微观宇宙：Tabula Muris——单细胞转录组学的瑰宝 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ta/tabula-muris 在生命的复杂拼图中，每个细胞都是独一无二的谜题碎片。【Tabula Muris】（拉丁语意为“老鼠的表格”）是一个革命性的开源项目，由Chan Zuckerberg Biohub精心打造。该项目利用尖端的单细胞转录组测序技...
论文阅读之方法： Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris
dundunmm的博客
12-03 1386
Tabula Muris数据集制作方法以及详细信息
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris
悟道西方
04-22 4007
往期系列 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（一） Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二） Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三） Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四） Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五） Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（六） 收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享 该如何自学入门生物信息学 生...
使用对比学习处理大规模多模态单细胞数据
白景屹的博客
09-15 2076
单细胞数据集的规模不断扩大，对处理规模正在扩大、模态正在扩展和不可避免的批次效应引发了计算挑战。最近出现了很多基于深度学习的方法，通过将细胞表示为非线性embedding来解决这些问题。这里将介绍细胞表示的对比学习，Concerto，它利用自监督蒸馏框架来建模多模态单细胞图谱（multimodal single-cell atlases）。
论文阅读：Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris
dundunmm的博客
12-03 1995
在这里，我们展示了来自小鼠（Mus musculus）的单细胞转录组数据集，该数据集包含来自20个器官和组织的超过100,000个细胞。这些数据为细胞生物学提供了新的资源，揭示了在较少表征的细胞群体中的基因表达，并实现了在共享细胞类型（如来自不同解剖位置的T淋巴细胞和内皮细胞）之间基因表达的直接且受控的比较。大多数器官采用了两种不同的技术方法：一种是基于微流控液滴的3′端计数方法，能够以相对较低的覆盖度对成千上万的细胞进行调查；
NBT|45种单细胞轨迹推断方法比较，110个实际数据集和229个合成数据集
悟道西方
07-15 3832
摘要轨迹推断（Trajectory Inference，TI），是分析从千上万单细胞的组学数据中推断细胞发育轨迹的重要方法，也被称为伪时序分析 (pseudotime analysis)...
单细胞 RNA 测序分析的当前最佳实践：教程-文献精读80
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11-08 1673
单细胞分析最佳指南！
SingleR算法案例深度分析：5大数据集在生物信息学的应用
[SingleR算法案例深度分析：5大数据集在生物信息学的应用](https://opengraph.githubassets.com/c78806db3e1fd8fd2104ce43c21e4cd2d850fb6c79d61aa7d2a3ee9c53b4579b/czbiohub-sf/tabula-muris-senis) # 摘要 ...
Dinky 安装部署并配置提交 Flink Yarn 任务
最新发布
主要分享大数据相关的知识，如Spark、Hudi
05-13 892
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RDD的五大特征
2401_84653595的博客
05-12 434
按照“移动数据不如移动计算”的理念，Spark在进行任务调度时，会尽可能地将任务分配到其所要处理数据块的存储位置。RDD的每次转换都会生成一个新的RDD，所以RDD之间就会形成类似于流水线一样的前后依赖关系。在部分分区数据丢失时，Spark可以通过这个依赖关系重新计算丢失的分区数据，而不是对RDD的所有分区进行重新计算。举个生活中的例子：高考的时候，每个班的同学都打散到不同的考场，此时的高3（8）班就是一个抽象的概念，在实际中，这个班级的学生可能分布在5个不同的考场。RDD的方法会作用在所有的分区上。
SparkSQL操作Mysql
2301_82309776的博客
05-13 577
SparkSQL 提供了强大的功能来连接和操作 MySQL 数据库，支持读取数据、写入数据以及执行 SQL 查询。下面将详细介绍如何使用 SparkSQL 与 MySQL 进行交互，并提供完整的代码示例。，并将 JAR 文件添加到 Spark 的 classpath 中。在创建 SparkSession 时，通过。
安装Hadoop并运行WordCount程序
2401_84653595的博客
05-12 986
安装hadoop时，它自带了很多的示例代码，其中有一个是用来统计词频的程序，下面我们来看一下如何去运行这个示例代码。在任意目录下，运行 java -version，如果能看到以下结果，则代表Java安装成功。使用cd命令进入到opt/software目录，再使用ls命令，查看是否已经上传成功。使用的命令是： vi /etc/profile.d/my_env.sh。（1）新建/etc/profile.d/my_env.sh文件。打开/etc/profile.d/my_env.sh文件。注意，后面我们会按照。
Spark缓存-cache
2401_83378805的博客
05-13 212
4. cache & persist & checkpoint 的特点和区别。6.MEMORY_ONLY_2, MEMORY_AND_DISK_2, 等等。二、cache & persist 的持久化级别及策略选择。2. RDD cache & persist 缓存。3. RDD CheckPoint 检查点。1.什么时候该使用持久化（缓存）
Linux系统下使用Kafka和Zookeeper
qq_44990881的博客
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是一个分布式流处理平台，最初由 LinkedIn 开发，后来成为 Apache软件基金会的顶级项目。它具有高吞吐量、可扩展性、持久性、容错性等特点，主要用于处理实时数据流。
Spark的三种部署模式及其特点与区别
全局可见
05-10 924
Driver负责任务调度，Executor执行计算，Cluster Manager管理资源。Driver向ResourceManager申请Executor资源。：依赖外部集群管理器（如YARN的ResourceManager）。执行Driver分配的Task（如Map、Reduce操作）。：高扩展性，适合大规模集群（如YARN支持千级节点）。：Driver运行在集群的某个节点（由YARN管理）。Executor执行Task，返回结果给Driver。Driver将Task分发到Executor。
RDD中分区、分区器及自定义分区器的学习
2402_83590031的博客
05-13 437
虽然 Spark 的内置分区器能够满足大多数常见的应用场景，但在某些情况下，我们可能需要根据具体业务逻辑自定义分区器，以实现更高效的数据分布和处理。：返回分区的数量。：根据给定的键（Key）计算该数据应该分配到的分区编号。equals：判断两个分区器是否相等，通常用于在分布式环境中确保分区器的一致性。下面通过一个简单的示例来展示如何自定义分区器。
ElasticSearch入门详解
yw2490614330的博客
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Elasticsearch（ES）是一个基于Java的开源企业级搜索引擎，支持实时搜索，具有稳定、可靠、快速的特点，且安装使用方便。它解决了Lucene框架的诸多限制，如只能在Java项目中使用、配置复杂、不支持集群环境等问题。ES广泛应用于京东、携程、滴滴等公司。其核心概念包括索引、映射、字段、文档、集群、节点、分片和副本等。安装ES时需创建普通用户，并配置系统参数以解决资源限制问题。ES数据管理支持对文档的索引、搜索、排序和过滤，使用JSON作为文档序列化格式。基本操作包括创建、查询、删除索引，以及添加
单细胞RNASeq数据分析实战教程：sangerSingleCell
"sangerSingleCell:https" 是一个集成了单细胞RNA测序数据分析流程的在线资源，通过一个名为“Tabula Muris”的项目示例，向用户展示了如何利用R语言和Git进行数据处理和版本控制，最终实现对单细胞数据集的全面分析...
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