【超简单！】如何在ZINC库中批量下载虚拟筛选小分子数据集 （Windows环境下）

已于 2022-06-25 19:04:25 修改
阅读量7.6k 收藏 47
点赞数 3
文章标签： 人工智能 windows 数据库
于 2022-06-17 11:58:55 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_44606110/article/details/125330135
版权

文章目录

前言

使用Windows环境，在进行分子对接或者人工智能分子筛选时需要从ZINC数据库中下载小分子数据集可参考以下步骤。

一、选择合适的分子范围

  1. 进入ZINC15网站 点击这里
  2. 点击Tranches在这里插入图片描述
  3. 可按条件根据个人需求选择合适的分子范围在这里插入图片描述

二、数据集下载

  1. 选好合适分子范围后点击下载在这里插入图片描述

  2. 下载界面我们可以选择时间、下载文件类型和下载方法，这里由于我只需要获取smiles分子式因此选择smi文件，下载方法选WGET在这里插入图片描述在这里插入图片描述

  3. 下载完成后你会获得一个.wget文件，其中包含了多个wget指令对应下载多个分块子集中的分子（可用记事本打开查看）在这里插入图片描述

三、Windows安装Wget

  1. Windows环境需要手动安装Wget指令，点击这里下载Wget，下载ZIP或EXE都可以（ZIP解压后包含EXE文件），然后将下载下来的wget.exe执行文件放入C:\Windows\System32 在这里插入图片描述
  2. 完成上步之后可以管理员打开cmd输入wget -help查看是否安装成功，如果显示了一串指令帮助说明安装成功

四、准备就绪，傻瓜式下载分子集！

  1. 将前面下载的.wget文件后缀改成.bat在这里插入图片描述在这里插入图片描述
  2. 将修改后的.bat文件放入你想要下载数据集的目录下（比如这里我建立了一个datasets文件夹用来存放数据），然后直接双击运行.bat文件！（注意 ！不要！以管理员身份运行）在这里插入图片描述
  3. 然后系统会自动执行里面的wget指令进行下载，耐心等待下载完成即可！在这里插入图片描述在这里插入图片描述

总结

本文写于2022.6.17，ZINC网站使用方法和分子范围可能会随时间进行更新变化，请以网站说明为准

Fanta!!
关注
chembl_webresource_client 包数据接口下载chembl数据库；ZINC数据库下载、simles获取
weixin_42357472的博客
11-01 2367
点击进去https://zinc.docking.org/subclasses/kinase/predictions/，然后下载sdf模式，这里可以转化simles格式，如果下载csv里面没有包含simles。参考：https://github.com/chembl/chembl_webresource_client/blob/master/demo_wrc.ipynb。参考：https://zinc.docking.org/这是网页搜索查看，16条数据。这个数据这下载特别慢。
分子对接用于虚拟筛选（Autodock或薛定谔）
weixin_57450547的博客
04-20 3196
生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径 2.4 批量下载蛋白晶体结构 蛋白结构分析 Pymol
如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选
weixin_40551464的博客
10-08 1万+
ZINC改版了，最新版跟几年前我用的版本大不一样，于是查了一下资料，整理了一个教程 参考视频：https://www.youtube.com/watch?v=zloEnrWGqAg 1.点击Tranches，可以看到有很多选项，根据需求选择合适的分类，点击下载，我选择sdf格式的下载，下载方式选择powershell，将文件下载到桌面，放在screening文件夹里，并修改文件名为ligands.ps1； 2.开始菜单栏输入Powershell,右键，以管理员身份运行； 3.切换
搜集的zinc资料pdf
05-15
新手按照pdf一步一步来编程，能够显示出来zinc界面
基于对接化合物库虚拟筛选（Virtual Screening）
发呆的比目鱼的博客
04-21 1462
对接化合物库虚拟筛选（Virtual Screening）
使用ZINC15下载小分子数据集
weixin_70379932的博客
09-06 1万+
超简单zinc下载数据集方法
批量下载Zinc数据库中小分子的方法
热门推荐
duwenyi2017的博客
10-28 1万+
批量下载Zinc数据库中小分子的方法 First release：2017-01-31 Last update: 2018-01-31 四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn)，专业从事分子模拟，量子化学等计算服务，欢迎咨询！ Zinc数据库不用多说，大多数化学研究的工作者都“如雷贯耳”，但是真正使用过的人却很少，本文为大家介绍下载Zinc数据库中的小分子的方法，为做药物筛选...
zinc数据库下载数据
最新发布
weixin_58413289的博客
10-22 805
D:\study\CADD\zinc\解压>for /r %i in (*.sdf) do type "%i" >> combined_molecules.sdf。>> combined_molecules.sdf：表示将读取到的内容追加到一个名为 combined_molecules.sdf 的文件中。type "%i"：将每个找到的 .sdf 文件的内容读取出来。D:\study\CADD\zinc>cd 解压。再用discovery studio打开就可以啦。第二种 tranches。
DeepChem教程19: 用Zinc筛选HIV抑制剂
lishaoan77的专栏
03-04 2280
本教程我们学习如何用DeepChem (ZINC)有效的筛选大的化学合数据库。用机器学习筛选大型化合物库是直接受CPU约束的平行计算问题。我要使用的代码用例假定可用的资源是在个大的机器(像AWS c5.18xlarge)，但是其它是统也是可交换的（如超级计算群）。更高层次的，我们将要做的是： 用标签数据创建机器学习模型。 转换ZINC到“工作单元” 加载“工作单元”到“工作序列”。 “从工作序列”中使用“工作单元”。 获得结果。 这个教程与前面的教程的不同之处在于它设计来运行在AWS上而不是Goo
小分子SMILES药物设计数据集.zip
02-14
自然语言处理数据集
利用python实现Autodock Vina多对多分子对接结果筛选并绘制热图
01-16
大家注意一下，我的热图代码里面用的是txt文件中倒数第10行的数据，如果你的txt对接结果中有这句话"Writing output ... done."。需要用记事本把py文件打开，把这句 for i in f.readlines()【-10】，改成for i in f.readlines()【-9】。 才是正确的最上面的对接结合能。 另外我做了筛选，把-7.0以上的筛选掉了，如不需要筛选，把下面这句去掉。 df = df.loc[df【'affinity'】 < -7.0]
Zinc:一个开源的，有文档记录和维护的框架，以支持混合的和务实的质量保证-提供清晰的现实世界价值
05-04
锌锌 作为质量保证专家 我想进行具有成本效益的连续运营，性能，安全性，可访问性和功能评估（OPSAFE） 因此，在数字交付的每个阶段都将质量设计到产品中
agz7:用于GDB7和ZINC的具有多达7个重原子的铵
04-04
agz7数据集 对GDB17和ZINC进行最多7个重原子的氨的完整枚举 有关如何生成amons的方法，请访问 特征 广泛的有机化学信息，包括H，B，C，N，O，F，Si，S，P，Cl，Br，I，Sn 由于AMON分子小（不超过7个非氢原子），可以通过包含更准确的特性和/或所有构象异构体轻松扩展AGZ7。 AGZ7可用作查询最相关的氨的字典，或作为QML模型（特别是深度神经网络）的单个训练集的整体，用于涉及有机分子的量子化学问题 量子性质预测 几何优化 分子动力学 ... 关于文件/文件夹的注意事项 包含SMILES字符串的文件（由OEChem规范化） gdb17-zinc-comm.can ：由gdb17和zinc共享的SMILES串氨 gdb17.can ：gdb17独有的微笑字符串 zinc.can ：SINLES独特的ZINC链状的铵 包含amons 3d几何形状的文件夹 gd
CADD生物药物分子相互作用、虚拟筛选
pang0416的博客
01-04 748
1：生物分子互作用研究方法 2：蛋白PDB数据库 3：蛋白结构分析-Pymol 4：同源建模-用 2019-nCoV spike 蛋白序列建模，根据相应参数和方法评价模型 5：小分子构建-分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA 等分子 6：小分子化合物库、数据库 7：生物分子互作用Autodock、分子对接、针对 1IEP 完成半柔性对接、柔性对接 8：虚拟筛选-对 1IEP 晶体复合物完成虚拟筛选，并对结果进行分析 9：生物分子互作用ZDOCK、预测蛋白-蛋白相互作用 10：构效关系分析、基于碎片药物设计、
循环神经网络模型训练药物小分子前期一些准备与建议
MGHYN的博客
04-18 646
1. **数据获取**：- 从公共数据库（如ChEMBL、PubChem、ZINC等）或专有数据库中获取数据。这些数据库通常提供了大量的小分子化合物信息，包括其结构、生物活性等。- 你可以使用相应的数据库的网站界面或 API 来获取数据，或者下载已准备好的数据文件。2. **数据预处理**：- 去除重复项：如果数据集中存在重复的分子结构，通常需要去除重复项以避免对模型训练的影响。- 处理缺失数据：检查数据集中是否有缺失值，并根据需要进行处理。
CADD计算机辅助药物设计+先导化合物筛选+薛定谔专题+分子动力学模拟
Waitingyx的博客
07-19 2481
计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物的方法；近年来，计算机辅助药物设计已经取得一定成就，特别是在新冠肺炎爆发后，很多研究机构和企业采用计算机辅助药物设计方法辅助进行了很多研究工作。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过同源建模方法发布了新冠病毒的三维结构，通过药物靶标预测、筛选出针对新型冠状病毒的药物，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为治疗新冠提供了新机理和新思路。应新老客户的培训需求，北京软研国际信
分子模拟软件amber_薛定谔 autodock 分子动力学模拟GROMACS软件
weixin_39670441的博客
12-14 2096
生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理1.2 分子对接研究生物分子相互作用1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用蛋白数据库 1. PDB 数据库介绍1.1 PDB蛋白数据库功能1.2 PDB蛋白数据可获取资源1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性2.PDB 数据库的使用2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载2.2 靶点蛋白结构序列下载2.3 靶点...
ZincSearch Java 客户端教程
zhangxin09的专栏
03-04 2019
Zinc 简单、强大，不了解的同学可以参见我之前的。今天我们这里谈谈 Java 环境如何集成 Zinc 客户端，跟如何使用的。
【推荐】2024化合物信息查询平台
a13981820402的博客
07-23 3294
化合物信息查询平台是一个综合性的在线资源，它为科研工作者、化学工程师、教育者、学生以及相关领域的专业人士提供了一个全面获取化合物信息的途径。此类平台通过强大的搜索功能，允许用户根据化学名称、分子式或结构式快速定位所需化合物，进而访问其详尽的物理化学特性、详尽的安全数据表、可能的合成路径、药理作用、市场供应情况、三维结构模型、反应性预测、相关科学文献、专利信息、分析测试方法以及化合物在医药、化工、材料科学等领域的应用情况。
评论 9
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值