R-生物初学者：软件包安装

R语言作为数据可视化和处理的利器之一，如何安装和利用packages是入门必备技能。

软件包安装

1. conda 平台进行安装(相对独立的环境）

conda create -n envnames; conda activate envnames
conda install packages

例如：单细胞处理常用软件包安装

conda install -c conda-forge r-base=4.1.1
conda install -c conda-forge r-ggpubr
conda install -c conda-forge/label/cf202003 r-seurat

2. R环境下直接安装

install.packages("packages")
install.packages("/path/to/packages.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

生物相关软件包

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ggtree") #进化树绘图
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")  #生物注释数据库
BiocManager::install("clusterProfiler") #KEGG分析支持包

目前各个软件包的代码基本上都是基于作者的需求而创作的，造成很多时候各个包之间不兼容问题，如果反复安装不成功，这时候最好借助于conda的独立环境进行安装。

软件包使用

library(packages)

调用软件包即可！根据help()信息进行相应参数的设置，灵活运用。

设置CRAN镜像，避免单次选择

local({r <- getOption("repos")  
 r["CRAN"] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"   
options(repos=r)})