R语言安装包Seurat

最新推荐文章于 2025-04-27 15:23:44 发布
最新推荐文章于 2025-04-27 15:23:44 发布
阅读量3.5k 收藏 1
点赞数 2
文章标签： r语言 开发语言
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_43369406/article/details/132145280
版权
文章讲述了在Ubuntu22系统中，安装Seurat包时遇到httr和plotly依赖缺失的问题，给出了在终端使用apt和libcurl4-openssl-dev修复依赖并重新安装相关包的步骤。最后，演示了如何在R中加载Seurat库。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

环境Ubuntu22，R4.1

also installing the dependencies ‘curl’, ‘openssl’, ‘httr’, ‘plotly’

R包安装的时候报了这个错误ERROR: dependencies 'httr', 'plotly' are not available for package 'Seurat'

请添加图片描述

解决方法，退出R，在terminal中键入：

apt install curl
apt install openssl

apt-get install libcurl4-openssl-dev --fix-missing
apt install libssl-dev

进入R，键入如下：

install.packages("curl")
install.packages("openssl")
install.packages("httr")
install.packages("plotly")
install.packages("Seurat")

解决问题，在R语言中输入，

library(Seurat)

请添加图片描述

樱木之
关注
2023.11.1用conda安装R环境，并下载Seurat包过程记载
weixin_44699741的博客
11-01 4246
CC = home/txb/miniconda3/envs/r-4.2/lib/R/x86_64-conda-linux-gnu-cc前面加个位置。在/home/txb/miniconda3/envs/r-4.2/lib/R/etc/Makeconf文件中。报错2：x86_64-conda-linux-gnu-cc command not found。r- 开头，例如安装stingi包 conda install r-stringi。5.安装R包以 r- 开头，例如安装stingi包。
Seurat V5安装
hzau_t的博客
11-20 1600
软连接到/usr/local/bin 我理解这部分内容比较类似于将hdf5中的内容添加到系统环境变量中，因此R能识别到hdf5相关编译器，与这部分下列注释的代码可能有异曲同工之妙。这表明加载包的时候不能识别 hdf5 的动态库,实际包已经安装好了，只是不能加载 hdf5 动态库,需要手动配置 hdf5 动态库 libhdf5_hl.so.310。虽说能解决hdf5r的安装问题，但是BPCells仍然安装不上，因此用conda安装hdf5，然后安装BPCells成功。官网推荐安装以下四个包，作用详见注释。
R中安装“Seurat”报错
焦解糖的博客
07-04 1487
报错过程中忘记截图，就用了参考推文中的图片，报错内容是一一致的。安装成功后，将下载好的。
安装4.0版本的Seurat包
weixin_47403257的博客
08-01 4517
Seurat4.4版本安装
R语言学习小记一SeuratData安装
weixin_64317226的博客
10-26 2780
Error:不存在叫“SeuratData”这个名字的程辑包。错误：安装“SeuratData”报错。这时包就可以成功加载了。
R 安装 Seurat的一些坑
weixin_46021869的博客
02-12 1万+
安装SeuratDisk需要Seurat，curl等依赖包 成功安装SeuratDisk的环境：r 4.0.3,python 3.7.11 之前 r3.6.1安装失败，因为Seurat相关依赖包irlba安装失败R (≥ 3.6.2) 最好先新建环境来安装 先安装hdf5，conda install -c anaconda hdf5 再安装Seurat相关依赖包‘irlba’, ‘SDMTools’, ‘plotly’, ‘Hmisc’, ‘metap’ conda install -c anacond
linux系统R语言安装包出现 installation of package ‘xxx’ had non-zero exit status
m0_55805919的博客
01-14 462
但在安装完R后直接使用install.packages ("tidyverse",repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/") 安装则会出现下面的编译报错。尝试了很多办法都无法安装，最终发现出现这个原因是R语言很多包都需要C/C++编译，缺少依赖。激活环境后输入R能够出现下面界面则代表R安装成功。首先输入quit()退出R语言到创建的虚拟环境。这些安装完毕后就可以按照正常流程安装其他包了。随机library相关的依赖包。可以看到安装成功了。
个人Conda配置R Seurat记录
wuyang27的博客
07-11 1178
之后因为网络波动等了很久，但是能正常安装（后续觉得还是最好指定版本，目前正在指定版本重新安装）中间有一些要不要用conda镜像的细节，自己用的时候还是加上了 --channel。发现ggplot2这种安装需要有依赖的包没办法安装，类似的还有tidyverse。两个都尝试了，但是发现可能还需要编译 或者指定R path，把自己弄得比较晕。a 直接用命令安装R，成功安装了R4.1.2, VScode的R插件能识别。mamba自己之前没用过，开始重新安装，还是pip安装最快。已知两个思路，1 自己安装R；
r语言热图太大卡死怎么办_R语言学习 – 热图绘制 (heatmap)
weixin_28965851的博客
01-12 2733
热图绘制热图是做分析时常用的展示方式，简单、直观、清晰。可以用来显示基因在不同样品中表达的高低、表观修饰水平的高低等。任何一个数值矩阵都可以通过合适的方式用热图展示。本篇使用R的ggplot2包实现从原始数据读入到热图输出的过程，并在教程结束后提供一份封装好的命令行绘图工具，只需要提供矩阵，即可一键绘图。上一篇讲述了Rstudio的使用作为R写作和编译环境的入门，后面的命令都可以拷贝到Rstudi...
如何在linux中下载R或者更新R
Rita_rr的博客
06-17 4028
package ‘Seurat’ was built under R version 4.3.3Loading required package: SeuratObject Error: This is R 4.0.4, package ‘SeuratObject’ needs >= 4.1.0
单细胞三大R包之Seurat
weixin_42960896的博客
03-22 1万+
与前面的3版本Seurat有一点点区别，重启大脑ing。。。 1.数据、代码和R包准备 代码：[https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html](https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html) 数据：https://s3-us-west-2.amazonaws.com/10x.files/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_ma
Seurat2.3.0 mac安装
qq_45759229的博客
09-25 1023
首先说明一下我的安装环境 mac 版本 R版本我的电脑有两个版本，使用Rswitch可以在mac里安装多个R版本 其中R4.1中安装Seurat4(Seurat4和Seurat3差不多，没有多个区别) 但是Seurat2和Seurat3在使用语法上差别较大，所以我在R3.6的环境中安装Seurat2.3.0 下面说明一下Seurat2.3.0安装的过程中出现的问题 安装代码 install.packages('devtools') # Replace '2.3.0' with your desired v
R语言3_安装SeurateData
qq_43369406的博客
08-07 2133
环境Ubuntu22/20, R4.1。进入r语言交互环境，键入，
软件安装系列：R中从github上安装 seurat-wrappers 解除API限制的问题
weixin_41368414的博客
04-12 2021
桓峰基因公众号推出单细胞生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的相关教程目录如下：Topic 6. 克隆进化之 CanopyTopic 7. 克隆进化之 CardelinoTopic 8. 克隆进化之 RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组 之 cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据 GEO 下载及读取SCS【4】单细...
Seurat 4.0版本安装
bio_multiomics的博客
12-07 592
Seurat最初于2015年首次发布，并且在之后的版本中经过持续的更新和改进。这个工具在单细胞生物学研究中得到了广泛的应用，为科学家们提供了强大的工具来深入了解单个细胞的基因表达和细胞群体的异质性。目前，Seurat已经发布到V5.1版本。
安装Seurat.utils包流程--给seurat增加细胞前缀样本名称
最新发布
m0_58549466的博客
04-27 429
安装Seurat.utils包流程如下，依赖包比较多，而且相互嵌套，按照这个流程可以顺利安装。
R语言分析单细胞数据Day1——下载Seurat包并进行预处理（一）
热门推荐
生信小白一枚，欢迎大佬一起讨论分析前沿技术！
01-20 1万+
Task.1 安装Seurat，准备处理single cell data 安装Seurat时，只能安装3.2.3以下的版本，太高就不兼容！ install.packages('remotes') %安装过可以省略 remotes:: install_version("Seurat", version = "3.2.3") % 安装不上可以更新R版本或者安装附属包 Task.2 加载Seurat包并导入数据 library(Seurat) % 这里可以设置你的路径，三个文件（mtx数据、行名和列名）都需要
安装seurat v5,与seurat v4共存
生信小博士的博客
12-28 3310
我要更高级点，学习y叔，安装v5时，同时不要删除我已经存在的v4。本文技术不难，更多的是一种思想方法，帮助大家去开拓自己的思路。虽然是红色的warning，但是顺利安装成功啦！安装suerat v5,同时不删除之前的v4。可以看到作者已经贴心的告诉我怎么安装啦。交流更多，加交流群，备注 姓名 学校。
Seurat包标准流程
weixin_56845253的博客
02-28 2782
Seurat包标准流程
linuxR安装Seurat包
03-14
<think>嗯，用户想在Linux系统中通过R安装Seurat包，这个问题看起来有点挑战。首先，我得回忆一下之前处理过类似的安装问题。根据引用里的信息，Linux上安装R包可能遇到依赖库缺失或者编译工具版本的问题。比如引用[2]提到，缺乏特定依赖库和低版本的编译工具是两个主要问题。那应该怎么解决呢？ 首先，用户可能需要安装系统依赖。比如，安装那些Seurat所需的系统库，比如libcurl、openssl等。这些可能通过系统的包管理器来安装，比如Ubuntu的apt-get。然后，确保R的编译工具链是最新的，比如gcc、g++这些，可能需要更新或者安装build-essential。 接下来是R环境本身的配置。用户可能需要先启动R，然后设置CRAN镜像，这样安装包的时候速度快一些。比如选择清华的镜像源。然后，安装必要的依赖包，比如引用里提到的Rcpp、Matrix这些。但是用户之前可能遇到安装失败的情况，这时候可能需要单独安装这些依赖，逐个解决可能出现的问题。 然后就是安装Seurat本身了。用户可以用install.packages("Seurat")，但如果遇到问题，可能需要用conda来安装，如引用[3]提到的，使用conda install -c conda-forge r-seurat。这可能更可靠，因为conda会自动处理依赖关系。此外，引用[5]还提到切换不同版本的R或者库路径，用户可能需要调整.libPaths()来指定安装位置，特别是如果需要同时安装多个版本的Seurat的话。 另外，用户可能需要处理权限问题，比如是否用sudo安装全局包，或者在用户目录下安装。还有，安装完成后要测试是否成功，比如library(Seurat)有没有报错。 可能的问题点包括：依赖包安装失败，系统库缺失，编译工具版本低，网络问题导致下载失败，以及不同R版本之间的冲突。比如，安装过程中如果出现某个头文件找不到，可能就是对应的系统库没有安装。这时候需要根据错误信息安装相应的开发包，比如libxml2-dev或者libssl-dev之类的。 总结下来，步骤大概是：安装系统依赖 → 配置R环境和镜像 → 安装依赖包 → 安装Seurat → 测试安装。如果遇到问题，可以尝试用conda安装或者调整库路径。用户可能需要根据具体的错误信息来调整步骤，比如安装特定的-dev包或者更新编译器。</think>### 分步解答 #### 1. **安装系统级依赖** 在Linux系统中安装R包前，需确保已安装以下基础工具和依赖库： ```bash # 更新系统软件包 sudo apt-get update # 安装编译工具链 sudo apt-get install build-essential libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev libfontconfig1-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev # 若使用conda，可跳过部分依赖（推荐conda管理环境） ``` [^2][^3] --- #### 2. **配置R环境** 启动R并设置CRAN镜像以加速安装： ```R # 在R控制台中执行 chooseCRANmirror(graphics=FALSE) # 选择镜像（如清华源：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/） # 安装基础依赖包 install.packages(c("Rcpp", "Matrix", "ggplot2", "dplyr", "httr", "jsonlite")) ``` --- #### 3. **安装Seurat包** ##### 方法一：直接通过R安装 ```R install.packages("Seurat") ``` 若出现依赖包安装失败，需手动安装缺失包（如`BiocManager::install("limma")`）[^4]。 ##### 方法二：通过conda安装（推荐） ```bash conda create -n seurat_env r-base=4.3.1 # 创建独立环境 conda activate seurat_env conda install -c conda-forge r-seurat # 从conda-forge安装 ``` 此方法自动解决依赖冲突，适合复杂环境[^5]。 --- #### 4. **验证安装** ```R library(Seurat) packageVersion("Seurat") # 应输出版本号如4.3.0 ``` 若报错提示缺少库，需补充系统依赖（如`libglpk-dev`）。 --- #### 5. **常见问题处理** - **依赖库缺失**：根据错误提示安装对应开发库（如`sudo apt-get install libgsl-dev`）。 - **权限问题**：在R中使用`.libPaths()`指定用户目录写入权限。 - **版本冲突**：通过conda或`.libPaths()`切换库路径[^5]。 ---
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值