单细胞测序数据之标准分析

最新推荐文章于 2024-06-19 11:14:57 发布

艾格基因

最新推荐文章于 2024-06-19 11:14:57 发布

阅读量892

点赞数 1

文章标签：数据挖掘数据分析人工智能

本文链接：https://blog.csdn.net/egg_gene/article/details/122451710

版权

单细胞测序已经进入白热化状态，针对不同的组织和处理样本，如何通过通量单细胞测序挖掘细胞水平的生物学差异对于生物表型机理的发现至关重要。在此针对单细胞数据的标准化处理进行简单汇总。

第一步软件包安装

第二步数据QC处理

第三步数据可视化分析

第四步标记基因的鉴定

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

艾格基因

关注关注

1
点赞
踩
1

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫

腾讯研究成果登 Nature 子刊：scBERT 攻克单细胞测序数据分析痛点

叶庭云成为自己的光

09-29

1731

腾讯研究成果登 Nature 子刊：scBERT 攻克单细胞测序数据分析痛点

Scanpy 单细胞测序基因分析

weixin_42357472的博客

01-27

1916

使用Scanpy的filter_genes函数过滤掉在少于3个细胞中表达量为0的基因，使用normalize_per_cell函数对每个细胞的基因表达数据进行标准化，使用log1p函数对基因表达数据进行log转换。3、降维: 使用Scanpy的tl.pca函数对数据进行降维，将高维的基因表达数据映射到二维或三维空间中。5、可视化: 使用Scanpy的pl.pca函数对降维后的数据进行可视化。4、聚类: 使用Scanpy的tl.louvain函数对数据进行聚类。

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

单细胞测序数据整合

G2530051386的博客

06-16

8461

基于Seurat 联合harmony进行单细胞数据整合分析

单细胞分析之标准化处理

weixin_40640700的博客

03-12

4327

书籍原始链接：https://www.bioconductor.org/books/release/OSCA/normalization.html 本篇笔记根据书中介绍的内容，按照自己的实际操作情况，进行复现和重新整理。为什么要做标准化？要解决什么样的问题？进一步消除细胞之间的系统差异（我们前面做质控分析，其实也涉及到这一点），使得后面在比较细胞之间的表达量的时候，这种差异主要来源于生物条件的不同，而非是一些实验过程中的系统误差。补充小知识点1：标准化与批次校正的区别标准化：不管批次结构，.

单细胞测序（二）

Laurus_Wang的博客

05-02

1626

转录组单细胞测序前期流程

单细胞测序数据质控教程和结果解读

qq_40073899的博客

04-28

1249

在本地电脑无限使用无限分析作图的生信零代码一键分析电脑软件神器OmicsTools 软件在github上的zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库中，大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。

单细胞测序数据分析-seurat使用（自学整理版）

G2530051386的博客

06-12

8865

单细胞测序数据分析-seurat使用的一些背景知识

单细胞测序数据分析——细胞通讯 CellChat

G2530051386的博客

07-08

1万+

cellchat

单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门

LittleComputerRobot的博客

04-21

1380

单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门

单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因

热门推荐

qq_45478665的博客

07-13

2万+

系列文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载 单细胞测序流程（二）数据整理 单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图 单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA 本期主讲内容——t-sne聚类分析和寻找marker基因介绍：T-SNE是一种用于探索高维数据的非线性降维算法。它将多维数据映射到适合于人类观察的两个或多个维度。一、课前准备之前所使用的数据 R语言的IDE 二、过程聚类分析的目的是根据细胞的差别所进行细胞分群，两个..

单细胞测序拟时间序列分析R包monocel教程（附4个学习案例）

12-20

monocel是目前单细胞测序数据分析中最常用的拟时间序列分析R语言包，本教程是官方文档外附了4个学习案例

手把手教你做单细胞测序数据分析（六）——组间差异分析及可视化

weixin_47195452的博客

07-19

1万+

在前面的课程中我们已经进行过“”、“”、“”等内容的学习，相信大家现在已经能够对单细胞测序数据分析流程及Seurat对象的基本结构拥有了一定的了解。这一讲主要带领大家进行组间差异的计算及可视化方法的学习，这部分内容能够帮助科研工作者直接证明该数据集的前期试验设计，从前期枯燥的数据预处理走向文章中的Figure！（B站同步播出，先看一遍视频再跟着代码一起操作，建议每个视频至少看三遍）代码：测试数据与。

手把手教你做单细胞测序数据分析

weixin_45822007的博客

05-17

1111

搜索“基因组Genome”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech/单细胞测序近几年相当热门，这个技术能让我们获取每个测的细胞的转录组信息，但问题是单细胞测序相当大的数据量给后续的数据分析带来了不少挑战。为解决这一难题，深圳微科盟公司旗下《基因组Genome》公众号联合《Biomamba 生信基地》公众号共同推广免费单细胞转录组测序分析视频课程。视频课程...

单细胞测序之基本的数据处理基本流程

weixin_40640700的博客

03-08

9025

参考文献： Armand EJ, Li J, Xie F, Luo C, Mukamel EA. Single-Cell Sequencing of Brain Cell Transcriptomes and Epigenomes. Neuron. 2021 Jan 6;109(1):11-26.doi: 10.1016/j.neuron.2020.12.010. PMID: 33412093; PMCID: PMC7808568. Amezquita, R.A., Lun, A.T.L., Bech.

手把手教你做单细胞测序数据分析（五）——细胞类型注释

weixin_47195452的博客

07-19

6590

第三讲。

关于单细胞TPM、Count数据的处理

m0_58549466的博客

07-11

8780

今天正好看了一个很优秀的帖子答读者问(6)：单细胞TPM矩阵如何分析？，就着github写一点总结，方便以后自己处理TPM数据的时候用。想要了解单细胞TPM的数据处理，对10X和smartseq2进行总结也很有必要。下面这个图出自张泽民 Direct Comparative Analyses of 10X Genomics Chromium and Smart-seq2的文章。可以直接的看到，10X基于droplet的方法进行测序，smartseq2基于96孔板，二者都属于二代测序，也就是边扩增边测序。 .

单细胞转录组 —— 原始数据处理

最新发布

dxs18459111694的博客

06-19

1442

文章参考中原始数据处理部分。我们这里所说的原始数据处理涉及多个步骤，从测序仪下机产生的BCL文件到原始的FASTQ文件，再到序列比对，最后以reads计数矩阵结束。计数矩阵代表了每个细胞中每个基因所产生的不同分子数量的估计值，并可以根据每个分子推测的剪接状态对数据进行分层。整体流程如下图这个计数矩阵是所有下游分析的起点，包括数据归一化、整合和过滤方法，以及推断细胞类型、发育轨迹和表达动态的方法等。因此对该计数矩阵进行稳健而准确的评估，是实现准确可靠的后续分析的基础和关键步骤。

SCS【3】单细胞转录组数据 GEO 下载及读取

weixin_41368414的博客

08-13

9933

单细胞转录组数据 GEO 下载及读取

单细胞测序流程（一）简介与数据下载

qq_45478665的博客

07-06

1万+

** 简介 ** 单细胞测序：单细胞测序从宏观来讲是指在单个细胞水平上进行测序。单细胞转录组测序是指对于单个细胞水平上将mRNA反转录扩增后进行高通量测序的技术。单细胞测序通过在单个细胞水平上进行测序，解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规测序的难题，为科学家研究单个细胞的行为、机制等提供了新的方向。`` 单细胞测序基本步骤：对所选择的单细胞进行分离→扩增→进行高通量测序→使用生物信息学技术进行数据分析。数据下载进入NCBI GEO网站：https://www.ncbi

单细胞测序r语言分析

10-16

单细胞测序（single-cell sequencing）是一种高通量测序技术，可以对单个细胞的基因组或转录组进行全面的分析。而R语言是一种广泛用于统计分析和数据可视化的编程语言。在单细胞测序实验中，通过测序技术可以获取到大量的细胞的基因表达数据，包括每个细胞中数以千计的基因的表达水平。而这些数据的处理和分析就需要使用到R语言以及相关的数据分析包和函数。首先，我们可以使用R语言中的数据读取函数将单细胞测序的原始数据导入到R环境中，并进行数据清洗和预处理。例如，可以通过R的数据处理包如‘Seurat’对单细胞数据进行降噪、标准化和归一化等处理，以确保数据的准确性和可靠性。接下来，我们需要使用R语言的统计分析技术对这些单细胞数据进行分析。例如，可以通过差异表达分析（DEG）来寻找在不同细胞类型或条件下差异表达的基因。也可以使用聚类算法将细胞进行分组，寻找不同细胞群体之间的差异和相似性。同时，R语言还提供了多种数据可视化的方法，我们可以使用R语言中的绘图包如‘ggplot2’和‘pheatmap’等对单细胞测序数据进行可视化。可视化可以帮助我们更直观地展示细胞群体的分布情况、基因表达的模式等，从而更好地理解和解释实验结果。总而言之，单细胞测序数据的R语言分析可以帮助我们深入理解细胞的表达特征和功能，发现新的细胞类型和亚群体，并为研究细胞发育、疾病机制等提供重要的生物学信息。