R语言|ggtreeExtra包绘制进化树

R包-ggtreeExtra绘制进化树

ggplot2提供的geom_tile图层可以画热图了，ggplot2的geom_point或者ggstar的geom_star可以绘制点图层。为了扩展ggtree在点和布局中的系统发育树的外环上呈现相关数据，开发的ggtreeExtra包提供了一个函数，geom_fruit用于将图形与树对齐，相关图表将在树的外部面板的不同位置对齐。还开发geom_fruit_list在树的同一个外部面板上添加多个层。一些函数基于ggplot2并支持使用图形语法。

绘图示例

1、下载安装ggtreeExtra包

if(!requireNamespace("remotes", quietly=TRUE)){
   
  install.packages("remotes")
}
remotes::install_github("YuLab-SMU/ggtreeExtra")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ggtreeExtra")
BiocManager::install("ggstar")
#下载"ggstar","ggplot2","ggtree","treeio","ggnewscale"包
install.packages("ggstar")
install.packages("ggplot2")
install.packages("ggtree")
install.packages("treeio")
install.packages("ggnewscale")

2、加载依赖包

library(ggtreeExtra) # 设置叠加的包
library(ggstar) # 提供几何图形
library(ggplot2) # 
library(ggtree) # 绘制进化树
library(treeio)
library(ggnewscale) # 创建新的scale，多个fill或者color

3、设置工作目录

setwd("D:/R/ggtreeExtra")

4、数据来源

#树状图数据来源路径
trfile <- system.file("extdata", "tree.nwk", package="ggtreeExtra")
#绘制点图和柱状图的数据来源路径
tippoint1 <- system.file(