NRRD文件格式-NrrdIO库

最新推荐文章于 2024-03-12 11:31:26 发布
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分类专栏： # NRRD文件格式
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之前的博客介绍了NRRD文件格式。这篇文章利用Teem提供的NrrdIO库来编译示例程序sampleIO.c。

  • 操作系统：Fedora 30
  • 编译器：GCC 9.2.1

  1. 打开源代码，可以看到NrrdIO-1.11.0-src-tar.gz和teem-1.110-src.tar.gz两个主要文件。这里我们下载NrrdIO-1.11.0-src-tar.gz，用于读写NRRD图像。
    在这里插入图片描述

  2. 下载，解压后，可以看见文件夹内有许多.h和.c文件。值得注意的是，蓝色框标注的sampleIO.c是示例程序。红色框标注的qnanhibit.c需要删除。
    在这里插入图片描述

  3. 编译程序

gcc -DTEEM_QNANHIBIT=1 -DTEEM_DIO=0 -DTEEM_ZLIB=1 -o sampleIO *.c -lm -lz
  1. 运行sampleIO
    在这里插入图片描述
adam_gl
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$UKFpath --numThreads 60 --numTensor 2 --dwiFile DTI_LR_x.nrrd --seedsFile mask.nrrd --maskFile mask.nrrd --tracts UKF2T_x.vtk --seedsPerVoxel 2 --seedingThreshold 0.10 --stoppingFA 0.08 --stoppingThreshold 0.06
06-07
这是一个运行UKF Tractography算法的命令，用于分析DTI（Diffusion Tensor Imaging）数据，并生成脑白质纤维束的三维可视化结果。 具体来说，这个命令的参数含义如下： - `--numThreads 60`：指定使用60个线程来运行算法，以加快计算速度。 - `--numTensor 2`：指定使用二阶张量模型来分析数据。 - `--dwiFile DTI_LR_x.nrrd`：指定DTI数据的文件路径和文件名。 - `--seedsFile mask.nrrd`：指定种子点（即起始点）的文件路径和文件名。 - `--maskFile mask.nrrd`：指定感兴趣区域（即探测区域）的文件路径和文件名。 - `--tracts UKF2T_x.vtk`：指定生成的脑白质纤维束的文件路径和文件名。 - `--seedsPerVoxel 2`：指定每个体素的种子点数量，这里设置为2。 - `--seedingThreshold 0.10`：指定种子点的阈值，用于确定哪些体素中的所有种子点将被用于计算纤维束。 - `--stoppingFA 0.08`：指定FA（Fractional Anisotropy）的阈值，当FA小于该值时，算法将停止生长纤维束。 - `--stoppingThreshold 0.06`：指定阈值，用于控制纤维束的生长速度。

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