生物图像处理软件汇总（持续更新）

1 前言

成像（imaging）是生物学研究的常用手段之一。然而，对于生物学研究者，如何分析成像后的图像数据是一个普遍的难题。在处理数据的时候，我发现前人已经开发了许多生物图像处理软件，但是由于没有一个系统的归档，很难快速地找到能够解决自己问题的软件。即使找到了对应的软件，也需要花时间摸索软件的使用。在这一系列的博客中，我试图根据分析的内容对软件进行归档，并且附带示例，方便研究人员根据自己的研究目的选择合适的生物图像处理软件。

有一个网站https://biii.eu/，已经整理了很多的软件，就像一个网址大全。大家可以利用这个网站去搜索。本系列博客重点介绍一些代表性软件的实现原理和使用示例。

2 生物图像处理的内容

在生物学研究中，图像处理技术的使用越来越广泛。这里我列举一些我自己处理过的图像处理内容。当然，内容肯定是不全面的，希望大家可以提意见，增加更多的内容。

2.1 细胞分割（cell segmentation）

细胞分割

2.2 细胞追踪（cell tracking）

细胞追踪

2.3 图像配准（image registration）

图像配准