DeepST安装与使用指南

DeepST安装与使用指南

DeepST Deep Learning for Spatio-Temporal Data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/de/DeepST

一、项目目录结构及介绍

DeepST项目是一个基于Python，利用PyTorch和PyG库实现的空间转录组学数据整合与分析工具。以下是其基本的目录结构和关键文件说明：

DeepST/
├── deepst                # 核心功能模块，包含模型定义与训练逻辑
│   ├── models.py         # 模型架构定义，如图神经网络自编码器等
│   └── ...               # 其他相关代码文件
├── data                  # 示例或测试数据存放区（可能需要用户根据指引自行下载或创建）
├── DeepST.py             # 主入口脚本，用于执行主要任务
├── requirements.txt      # 项目依赖库列表，用于环境搭建
├── README.md             # 项目说明文档，包含快速入门和详细说明
├── setup.py              # 可选，若存在，用于项目打包与安装
└── examples              # 示例代码或教程，展示如何使用DeepST

二、项目启动文件介绍

• DeepST.py: 这是项目的主入口文件，用户通过调用此脚本来开始使用DeepST。它封装了核心功能，使得用户可以通过命令行参数或者在Python环境中以函数调用的形式进行操作。例如，集成多批次数据或识别空间域等功能都是从这个脚本开始。

三、项目的配置文件介绍

DeepST并没有直接提到一个单独的配置文件，但在实际应用中，配置通常通过函数调用时的参数来完成。这些“配置”体现在调用run函数时的各种参数，比如数据路径(data_path)、保存路径(save_path)、领域数量(n_domains)、预训练轮次(pre_epochs)、训练轮次(epochs)以及是否使用GPU(use_gpu)等。虽然不是传统意义上的配置文件形式，但这些参数设置构成了使用DeepST时的核心配置。

在更复杂的应用场景下，用户可能会采用外部脚本或配置文件来组织这些参数，以便于管理和复用不同的分析设定。

示例配置演示：

假设您想手动管理这些参数，可以创建一个简单的.py文件，如config_example.py:

params = {
    'save_path': './Results',
    'task': 'Identify_Domain', 
    'pre_epochs': 800,
    'epochs': 1000,
    'use_gpu': True if torch.cuda.is_available() else False,
    # 添加更多特定于您的数据集的参数...
}

随后，在使用DeepST时导入并传入这些参数：

from DeepST import run
import config_example

deepen = run(**config_example.params)

这样，就实现了配置的模块化管理，尽管不是通过一个独立的JSON或YAML配置文件。

请注意，上述示例中的路径和具体参数值应根据实际情况调整。此外，考虑到提供的源码引用，并没有直接展示所有配置细节，因此以上介绍结合了标准实践和提供的信息进行构建。

DeepST Deep Learning for Spatio-Temporal Data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/de/DeepST