Medical Transformer 项目使用教程

Medical Transformer 项目使用教程

Medical-TransformerOfficial Pytorch Code for "Medical Transformer: Gated Axial-Attention for Medical Image Segmentation" - MICCAI 2021项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/me/Medical-Transformer

1. 项目的目录结构及介绍

Medical-Transformer/
├── data/
│   └── ...  # 数据集相关文件
├── models/
│   └── ...  # 模型定义文件
├── utils/
│   └── ...  # 工具函数和辅助文件
├── configs/
│   └── ...  # 配置文件
├── train.py
├── test.py
├── README.md
└── requirements.txt

• data/: 存放数据集相关文件，包括数据加载和预处理脚本。
• models/: 存放模型定义文件，包括各种网络结构定义。
• utils/: 存放工具函数和辅助文件，如数据增强、损失函数等。
• configs/: 存放配置文件，用于定义训练和测试的参数。
• train.py: 训练脚本，用于启动训练过程。
• test.py: 测试脚本，用于评估模型性能。
• README.md: 项目说明文档。
• requirements.txt: 项目依赖包列表。

2. 项目的启动文件介绍

train.py

train.py 是项目的训练脚本，用于启动训练过程。主要功能包括：

• 加载配置文件。
• 初始化数据加载器。
• 定义模型、优化器和损失函数。
• 进行训练循环，保存模型权重。

使用方法：

python train.py --config configs/default.yaml

test.py

test.py 是项目的测试脚本，用于评估模型性能。主要功能包括：

• 加载配置文件。
• 初始化数据加载器。
• 加载预训练模型。
• 进行测试，输出评估指标。

使用方法：

python test.py --config configs/default.yaml --model_path path/to/model.pth

3. 项目的配置文件介绍

configs/default.yaml

configs/default.yaml 是项目的默认配置文件，包含训练和测试所需的各种参数。主要参数包括：

• data: 数据集相关配置，如数据路径、批大小等。
• model: 模型相关配置，如网络结构、输入尺寸等。
• train: 训练相关配置，如学习率、迭代次数等。
• test: 测试相关配置，如评估指标等。

示例配置文件内容：

data:
  path: "data/dataset"
  batch_size: 8

model:
  name: "MedicalTransformer"
  input_size: [256, 256]

train:
  lr: 0.001
  epochs: 100

test:
  metrics: ["dice", "iou"]

通过修改配置文件，可以灵活调整训练和测试的参数。

Medical-TransformerOfficial Pytorch Code for "Medical Transformer: Gated Axial-Attention for Medical Image Segmentation" - MICCAI 2021项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/me/Medical-Transformer