RoseTTAFold 开源项目使用指南
1. 项目的目录结构及介绍
RoseTTAFold 项目的目录结构如下:
RoseTTAFold/
├── README.md
├── RoseTTAFold-linux.yml
├── RoseTTAFold-linux-cu101.yml
├── folding-linux.yml
├── install_dependencies.sh
├── weights.tar.gz
├── run_pyrosetta_ver.sh
└── ...
README.md
: 项目的主要介绍文档。RoseTTAFold-linux.yml
和RoseTTAFold-linux-cu101.yml
: 用于创建 conda 环境的配置文件。folding-linux.yml
: 用于创建 pyRosetta 折叠和运行 DeepAccNet 的 conda 环境配置文件。install_dependencies.sh
: 用于下载和安装第三方软件的脚本。weights.tar.gz
: 包含网络权重的压缩文件。run_pyrosetta_ver.sh
: 用于运行 pyrosetta 版本的脚本。
2. 项目的启动文件介绍
项目的启动文件主要是 run_pyrosetta_ver.sh
。该脚本用于启动 RoseTTAFold 的 pyrosetta 版本。具体使用方法如下:
# 进入项目目录
cd RoseTTAFold
# 运行启动脚本
./run_pyrosetta_ver.sh
3. 项目的配置文件介绍
项目的配置文件主要包括以下几个:
RoseTTAFold-linux.yml
: 用于创建兼容 cuda11 的 conda 环境。RoseTTAFold-linux-cu101.yml
: 用于创建兼容 cuda10 的 conda 环境。folding-linux.yml
: 用于创建 pyRosetta 折叠和运行 DeepAccNet 的 conda 环境。
这些配置文件可以通过以下命令创建对应的 conda 环境:
# 创建兼容 cuda11 的 conda 环境
conda env create -f RoseTTAFold-linux.yml
# 创建兼容 cuda10 的 conda 环境
conda env create -f RoseTTAFold-linux-cu101.yml
# 创建 pyRosetta 折叠和运行 DeepAccNet 的 conda 环境
conda env create -f folding-linux.yml
通过以上步骤,您可以成功安装和配置 RoseTTAFold 项目,并开始使用其进行蛋白质结构预测。