RoseTTAFold安装——alphafold的平替（2）

RoseTTAFold安装——alphafold的平替（2）

接上一篇 RoseTTAFold安装——alphafold的平替（1）
在下载数据的时候在下载中间BFD的时候，出现bug，重新编辑一下脚本

cd /share2/pub/yangjy/yangjy/softs/RoseTTAFold/
wget https://bfd.mmseqs.com/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt.tar.gz --no-check-certificate
tar xfz bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt.tar.gz -C ./bfd
rm bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt.tar.gz

使用该脚本下载
下载后的database长这样：

在原来的RoseTTAFold文件中增加了三个文件夹：bfd，pdb100_2021Mar03，UniRef30_2020_06

6. 获取PyRosetta许可证

在这里，注册领取，面向科研和学习是免费的，面向商业付费！

7. 在conda环境中安装软件——PyRosetta

7.1 下载PyRosetta（还挺大）

在上一步骤中获得的许可证上有下载链接，username和password，进入链接后按要求输入后选择子集合适的PyRosetta版本下载，因为有certification，所以我在linux上下载现实401，大家可以现在子集的环境wget + 网址试试能不能下载，因为在windows上下载经常出现下载一半后卡壳的现象，实在不行再windows下载后传到linux吧！

7.2 解压！

tar -vjxf PyRosetta-<version>.tar.bz2

解压过程略！
解压后大概长这样！

7.3 安装

激活之前创建的环境（下载的版本是根据自己环境中的Python版本选择的！）

conda activate PyRosetta
cd setup
python setup.py install

7.4 验证是否安装成功

python

import pyrosetta
pyrosetta.init()

如果这一步no errors ，安装成功

8. 运行demo

8.1 针对单个结构预测

cd example
../run_pyrosetta_ver.sh input.fa ./result

8.2 针对复杂结构等

我先run一个简单的demo看看结果如何吧~后续继续更新！