Rosetta和PyRosetta的安装与使用指南

最新推荐文章于 2025-03-28 14:46:21 发布
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Rosetta和PyRosetta的安装与使用指南

【下载地址】Rosetta和PyRosetta的安装与使用指南分享 Rosetta和PyRosetta的安装与使用指南本资源文件提供了关于Rosetta和PyRosetta的详细安装与使用指南 【下载地址】Rosetta和PyRosetta的安装与使用指南分享 项目地址: https://gitcode.com/Resource-Bundle-Collection/4945e

本资源文件提供了关于Rosetta和PyRosetta的详细安装与使用指南。Rosetta是一款用于蛋白质结构预测和蛋白质设计的软件包，而PyRosetta是Rosetta的Python接口，允许用户使用Python语言调用Rosetta的功能。

内容概述

  1. Rosetta的安装

    • 下载Rosetta
    • 安装和编译Rosetta
    • 配置环境变量

  2. PyRosetta的安装

    • 下载PyRosetta
    • 解压安装
    • 配置Python环境

  3. 使用教程

    • Rosetta的基本操作
    • PyRosetta的基本操作
    • 常见问题及解决方案

安装步骤

1. Rosetta的安装

下载Rosetta
  • 从官方网站下载Rosetta软件包，需要学术账号和密码。
  • 也可以通过百度网盘下载，密码为0hoe。
安装和编译Rosetta
  • 安装依赖：OPENMPI、BOOST、Python2.7
  • 编译Rosetta：使用gcc编译，命令为./scons py -j 4 mode=release bin extras=mpi
配置环境变量
  • 编辑~/.bashrc文件，添加Rosetta的路径
  • 使配置生效：source ~/.bashrc

2. PyRosetta的安装

下载PyRosetta
  • 从官方网站下载PyRosetta软件包，密码为fe72。
解压安装
  • 解压文件：tar -vjxf PyRosetta4_Debug_python27_ubuntu_release-185.tar.bz2
  • 安装：sudo python setup.py install

3. 使用教程

Rosetta的基本操作
  • 启动Rosetta并进行蛋白质结构预测
  • 使用Rosetta进行蛋白质设计
PyRosetta的基本操作
  • 在Python环境中导入PyRosetta模块
  • 使用PyRosetta进行蛋白质结构预测和设计
常见问题及解决方案
  • 安装过程中可能遇到的错误及解决方法
  • 使用过程中常见问题的解决方案

总结

本资源文件详细介绍了Rosetta和PyRosetta的安装与使用方法，适合初学者和进阶用户参考。通过本指南，您可以顺利安装并开始使用Rosetta和PyRosetta进行蛋白质结构预测和设计。

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Rosetta和PyRosetta的安装与使用
小高的博客
11-11 2万+
Rosetta的安装下载Rosetta安装和编译Rosetta下载PyRosetta解压安装： 下载Rosetta 官网链接： [^1]: Rosetta 需要注意的是下载Rosetta需要学术账号和密码，本人已经将Rosetta下载上传至百度网盘，用者自取 Rosetta3： [^1]: Rosetta密码: 0hoe 安装和编译Rosetta 这一部分参考自知乎作者: 吴炜坤坤哥的教程，非常详细，感谢！ 坤哥教程 Rosetta安装依赖OPENMPI、BOOST、Python2.7 BOOST&a
wsl中rosetta的安装（Ubuntu20.04）
weixin_41439798的博客
03-03 1956
windows子系统wsl Ubuntu20.04安装rosetta
Rosetta(附使用教程)
03-12
Rosetta软件+中文简易使用说明书+官方原版英文说明书,对于初学者和开发者都有一定的参考价值.
Rosetta安装
mumudaiaomuwu的博客
10-24 1058
rosetta是安装
Rosetta在Ubuntu 24.04 LTS的安装
最新发布
lamovrevx的博客
03-28 216
最后参考Deepseek指导的方法安装。conda了python 2.7的环境。先凑合用，之后有问题再装其他版本。但是mpi是用apt install安装的。conda装的话调用gcc时候总是有各种问题。参考了各种文章，但是ubuntu24，较新的python都让多次尝试我无功而返。进入/main/source j后面的数是线程数。在当前目录生成了两个文件，input_0001.pdb和score.sc。在.bashrc或当前会话中配置：我只在当前会话配置了。查看一下pdb，确实relax了。
安装 Rosetta
mixboot
11-02 2653
安装 Rosetta softwareupdate --install-rosetta
linux安装Rosetta，PyRosetta
qq_27390023的博客
05-31 3107
# 可以建立，激活conda环境再安装，注意PyRosetta的python版本。下载 Latest PyRosetta。# PyRosetta使用教程。# 进入Rosetta目录。# Rosetta使用教程。
Rosetta 一：手把手教你用Linux安装Rosetta（全网最简洁）
m0_54634272的博客
09-21 6070
Rosetta 是一种生物物理建模软件，它使用模拟和评分功能来优化结构。
Rosetta基础1：centos8安装Rosetta
li1guangjun的博客
07-05 2093
在今天之前了解过Rosetta，也试着装过但没装上，感觉看软件命令跟看天书似的，它认识我，我不认识它、但今天我俩达成了共识，互相认识，在服务器装上了Rosetta，记录一下： 软件包和编译命令都来自于计算化学公社Rosetta包和命令，我下载的是2019.12.60667版，按照教程的命令输出如下： # Rosetta依赖OPENMPI以及BOOST # Boost与其他开发环境 [root@localhost user]# yum install boost-devel libstdc++ zlib zl
linux下Rosetta从头预测软件的安装使用.pdf
11-21
linux下Rosetta从头预测软件的安装使用.pdf
Rosetta服务器实施检查器：安装与使用指南
资源摘要信息:"Rosetta-inspector是一个用于检查Rosetta服务器实施情况的...他们可以通过这个工具来检查和验证他们的Rosetta服务器是否正确实施了Rosetta API，从而确保他们的应用程序可以正确地与区块链网络交互。
rosetta软件中英文使用说明
05-11
以上就是Rosetta软件的基本使用和核心概念介绍。通过深入学习和实践，用户可以利用Rosetta解决复杂的生命科学问题，如蛋白质结构预测、药物设计和蛋白质工程。对于初学者，建议从简单的任务开始，逐步熟悉软件的操作...
ROSETTA软件及详细中文操作说明（配演示数据）
08-09
ROSETTA软件及详细中文操作说明（配演示数据）。 此操作说明不同于其他资源的那种简易说明，步骤很详细，适合初学者快速入门。 ROSETTA软件是一个很好的Rough set软件，可以进行属性约简，属性值约简，规则提起，离散化等处理。
rosetta的所有版本及使用说明
10-03
粗糙集分析rosetta软件的所有版本及使用说明。
PyRosetta.docset
07-30
PyRosetta目前版本一共有728层，8372个类以及4424个分子建模的函数...大部分都被封装在rosetta.so中。 不同于其他Python包，在IDE中...本文在此提供PyRosetta版本的docset(240MB+): 方便大家下载和使用。 压缩后为10M
Ubuntu配置Rosetta安装教程
qq_39212193的博客
06-17 4845
转自：http://how2rosetta.cn/?article=ubuntu-desktop%e4%b8%8b%e9%85%8d%e7%bd%aerosetta%e5%ae%89%e8%a3%85%e6%95%99%e7%a8%8b Rosetta下载 Rosetta的发布有两种主要的形式: 稳定的正式版本(Numbered Release)和每周发行的版本（Weekly Release）,由于每周发行版本会修复bug和新增最新功能，强烈建议下载此版本的源码。 Go to:https://www.
Rosetta 二：手把手教你用Rosetta的全局对接模块
m0_54634272的博客
09-21 1898
Rosetta学习爱好者来，今天的主题是全局对接
Rosetta & PyRosetta Installing and Building 翻译 Rosetta 安装
CocoCream的博客
07-01 1604
本文为 Rosetta 安装教程，翻译自https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/install_build/install_build。
pyrosetta pymol
01-06
### 使用 PyRosetta 和 PyMOL 进行蛋白质结构预测与可视化 #### 安装依赖库 为了使 PyRosetta 能够与 PyMOL 配合工作，需先安装必要的软件包。这通常涉及两个主要组件：PyRosetta 及其 Python 接口以及 PyMOL。 对于 PyRosetta 的安装，官方文档提供了详细的指南[^3]： ```bash conda install -c conda-forge pymol rosetta pip install pyrosetta ``` #### 初始化环境并加载模块 启动交互式会话之前，确保已成功导入所需模块，并初始化 Rosetta 数据库路径设置。 ```python import os from pyrosetta import init, pose_from_sequence, Pose init(extra_options="-mute all") # 减少不必要的日志输出 os.environ['PYROSETTA_DB'] = '/path/to/your/local_rosetta_db' ``` #### 创建新蛋白序列对象 通过给定氨基酸序列创建 `Pose` 对象作为后续操作的基础单元。 ```python sequence = "AAAAHHHHCCCC" pose = pose_from_sequence(sequence) print(f"Created a {len(pose)} residue protein.") ``` #### 结构优化与折叠模拟 利用 PyRosetta 提供的功能对初始线性链执行能量最小化处理，从而获得更接近天然态的空间排列形式。 ```python from pyrosetta.rosetta.protocols.simple_moves import RepeatMover from pyrosetta.rosetta.core.scoring import CA_rmsd # 设计简单的重复移动策略来探索构象空间 mover = RepeatMover('default', 'fastrelax') mover.apply(pose) initial_pose = pose.clone() final_energy = pose.energies().total_energy() print(f"After optimization, final energy is {final_energy:.2f}") rmsd_value = CA_rmsd(initial_pose, pose) print(f"C-alpha RMSD between initial and optimized structures: {rmsd_value:.2f} Å") ``` #### 将结果导出至 PDB 文件以便于外部查看器读取 完成计算后可将最终模型保存成标准格式文件，方便其他应用程序调用分析。 ```python output_filename = "./optimized_structure.pdb" pose.dump_pdb(output_filename) print(f"The predicted structure has been saved into '{output_filename}'") ``` #### 加载到 PyMOL 中展示三维视图 最后一步是在图形界面下观察生成的立体结构特征。此时可以借助 PyMOL 实现即时渲染效果。 ```python import pymol pymol.finish_launching() # 启动 GUI 版本 (如果适用的话) cmd.load(output_filename) # 导入刚刚产生的 pdb 文件 cmd.show_as('cartoon') # 设置显示模式为卡通风格 cmd.color('blue', 'all') # 统一着色方案 cmd.zoom('all') # 自适应缩放视角范围 ``` 上述过程展示了如何结合 PyRosetta 强大的建模能力同 PyMOL 直观的表现力于一体，在药物设计领域尤其重要的是能够帮助研究人员更好地理解和解释复杂生物大分子间的相互作用机制[^4]。
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