VirSorter2 安装和配置指南

VirSorter2 安装和配置指南

VirSorter2 customizable pipeline to identify viral sequences from (meta)genomic data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/vi/VirSorter2

1. 项目基础介绍和主要编程语言

项目基础介绍

VirSorter2 是一个用于从（元）基因组数据中识别病毒序列的可定制管道。它采用多分类器、专家指导的方法来检测多种 DNA 和 RNA 病毒基因组。VirSorter2 在其前一版本的基础上进行了重大更新，支持更多病毒组，包括 dsDNA 噬菌体、ssDNA 病毒、RNA 病毒、NCLDV（Nucleocytoviricota）、lavidaviridae（virophages）等。

主要编程语言

VirSorter2 主要使用 Python 编程语言，并结合了多种生物信息学工具和框架来实现其功能。

2. 项目使用的关键技术和框架

关键技术和框架

• Python: 主要编程语言。
• Snakemake: 用于管理计算管道的工具，支持在计算机集群上高效运行。
• HMMER: 用于蛋白质序列的隐马尔可夫模型（HMM）搜索。
• Prodigal: 用于预测基因的工具。
• Scikit-learn: 用于机器学习的 Python 库。
• Pandas: 用于数据处理的 Python 库。

3. 项目安装和配置的准备工作和详细安装步骤

准备工作

在开始安装之前，请确保您的系统满足以下要求：

• 操作系统：CentOS Linux（推荐），其他 Linux 发行版也可支持，但不支持 MacOS。
• Python 版本：3.6 到 3.10。
• 安装 Mamba（推荐）或 Conda 包管理器。

详细安装步骤

步骤 1：安装 Mamba 或 Conda

如果您还没有安装 Mamba 或 Conda，请先安装它们。Mamba 是 Conda 的一个快速替代品，推荐使用。

# 安装 Mamba
conda install mamba -c conda-forge

步骤 2：创建并激活虚拟环境

使用 Mamba 创建一个新的虚拟环境，并激活它。

# 创建虚拟环境
mamba create -n vs2 -c conda-forge -c bioconda virsorter=2

# 激活虚拟环境
mamba activate vs2

步骤 3：克隆 VirSorter2 仓库

从 GitHub 克隆 VirSorter2 仓库到本地。

git clone https://github.com/jiarong/VirSorter2.git
cd VirSorter2

步骤 4：安装 VirSorter2

在克隆的仓库目录中，使用 pip 安装 VirSorter2。

pip install -e .

步骤 5：下载数据库和依赖

在运行 VirSorter2 之前，需要下载所有数据库和依赖。

# 删除之前可能失败的尝试
rm -rf db

# 运行 setup 命令下载数据库和依赖
virsorter setup -d db -j 4

步骤 6：运行测试数据集

为了验证安装是否成功，可以运行一个测试数据集。

# 获取测试数据
wget -O test.fa https://raw.githubusercontent.com/jiarong/VirSorter2/master/test/8seq.fa

# 运行分类，使用 4 个线程 (-j) 和 test-out 作为输出目录 (-w)
virsorter run -w test-out -i test.fa --min-length 1500 -j 4 all

# 查看输出目录
ls test-out

输出文件说明

• final-viral-combined.fa: 识别的病毒序列。
• final-viral-score.tsv: 每个病毒序列的得分表，可用于进一步过滤。
• final-viral-boundary.tsv: 边界信息表，包含中间文件信息。

通过以上步骤，您应该已经成功安装并配置了 VirSorter2，并可以开始使用它来识别病毒序列。

VirSorter2 customizable pipeline to identify viral sequences from (meta)genomic data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/vi/VirSorter2