宏基因组学中基于Kraken2、Blast、ViPhOG和VirSorter等工具分析病毒组的详细流程，包括数据预处理、病毒序列检测、分类和功能注释等步骤_uchime

	+ `-a ADAPTER_SEQUENCE`指定接头序列。
	+ `-q 15`表示丢弃质量低于15的碱基。
	+ `-m 36`表示保留至少36个碱基长度的reads。
	+ `trimmed.fastq`是处理后的输出文件。
	+ `your_fastq_file.fastq`是你的原始测序数据文件。

对于双端测序数据，你需要分别处理每一对R1和R2文件，并确保使用正确的接头序列。

组装

使用SPAdes、MEGAHIT或MIRA等工具进行短读长数据的组装。

使用SPAdes进行短读长数据的组装：

1. 安装SPAdes：

   • 如果您使用的是Linux或Mac OS，可以使用conda或pip进行安装：

   
   
   conda install -c bioconda spades
   
    #或
   
   pip install spades-python
   

2. 运行SPAdes：

   • 使用以下命令进行短读长数据的组装：

   spades.py -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq -o output_directory
   

   其中：

    + `-1 reads_1.fastq`和`-2 reads_2.fastq`是你的双端测序数据文件。
    + `-o output_directory`指定输出目录。
   

   • 如果你有单端数据，可以使用以下命令：

   spades.py -s single_reads.fastq -o output_directory
   

3. 分析结果：

   • SPAdes会在输出目录下生成多个文件，包括组装后的 contigs（scaffolds）、contigs.fasta 文件以及一些统计信息。

使用MEGAHIT进行短读长数据的组装：

1. 安装MEGAHIT：

   • 如果您使用的是Linux或Mac OS，可以使用conda进行安装：

   conda install -c bioconda megahit
   

2. 运行MEGAHIT：

   • 对于双端数据，使用以下命令：

   megahit -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq -o output_directory
   

   其中：

    + `-1 reads_1.fastq`和`-2 reads_2.fastq`是你的双端测序数据文件。
    + `-o output_directory`指定输出目录。
   

   • 对于单端数据，使用以下命令：

   megahit -r single_reads.fastq -o output_directory
   

3. 分析结果：

   • MEGAHIT会在输出目录下生成一个名为 contigs.fa 的文件，其中包含了组装后的 contigs。

使用MIRA进行短读长数据的组装：

1. 安装MIRA：

   • MIRA的安装通常需要下载并解压预编译的二进制文件，然后将其添加到系统路径中。具体步骤请参考MIRA的官方文档。

2. 运行MIRA：

   • 对于双端数据，创建一个名为 mira_config.txt 的配置文件，内容如下：

   PROJECT = your_project_name
   SAMPLE = your_sample_name
   SETTING = denovo, small, normal, accurate
   TECHNOLOGY = illumina
   INPUT_TYPE = paired
   LIBRARY_TYPE = standard
   STRANDNESS = forward
   READ_GROUP_NAME = your_read_group_name
   FORWARD_READS = reads_1.fastq
   REVERSE_READS = reads_2.fastq
   OUTPUT_DIR = output_directory
   

   然后运行以下命令：

   mira --config mira_config.txt
   

   • 对于单端数据，将配置文件中的 INPUT_TYPE 改为 single，并将 REVERSE_READS 行删除，然后运行相同的命令。

3. 分析结果：

   • MIRA会在输出目录下生成多个文件，包括组装后的 contigs（scaffolds）以及其他一些中间文件和统计信息。

2. 病毒序列检测

初步鉴定

使用Kraken2或者Centrifuge等工具进行宿主去除和病毒序列的初步鉴定。

使用Kraken2进行宿主去除和病毒序列鉴定：