+ `-a ADAPTER_SEQUENCE`指定接头序列。
+ `-q 15`表示丢弃质量低于15的碱基。
+ `-m 36`表示保留至少36个碱基长度的reads。
+ `trimmed.fastq`是处理后的输出文件。
+ `your_fastq_file.fastq`是你的原始测序数据文件。
对于双端测序数据,你需要分别处理每一对R1和R2文件,并确保使用正确的接头序列。
组装
使用SPAdes、MEGAHIT或MIRA等工具进行短读长数据的组装。
使用SPAdes进行短读长数据的组装:
-
安装SPAdes:
- 如果您使用的是Linux或Mac OS,可以使用conda或pip进行安装:
conda install -c bioconda spades #或 pip install spades-python
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运行SPAdes:
- 使用以下命令进行短读长数据的组装:
spades.py -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq -o output_directory
其中:
+ `-1 reads_1.fastq`和`-2 reads_2.fastq`是你的双端测序数据文件。 + `-o output_directory`指定输出目录。
- 如果你有单端数据,可以使用以下命令:
spades.py -s single_reads.fastq -o output_directory
-
分析结果:
- SPAdes会在输出目录下生成多个文件,包括组装后的 contigs(scaffolds)、contigs.fasta 文件以及一些统计信息。
使用MEGAHIT进行短读长数据的组装:
-
安装MEGAHIT:
- 如果您使用的是Linux或Mac OS,可以使用conda进行安装:
conda install -c bioconda megahit
-
运行MEGAHIT:
- 对于双端数据,使用以下命令:
megahit -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq -o output_directory
其中:
+ `-1 reads_1.fastq`和`-2 reads_2.fastq`是你的双端测序数据文件。 + `-o output_directory`指定输出目录。
- 对于单端数据,使用以下命令:
megahit -r single_reads.fastq -o output_directory
-
分析结果:
- MEGAHIT会在输出目录下生成一个名为
contigs.fa
的文件,其中包含了组装后的 contigs。
- MEGAHIT会在输出目录下生成一个名为
使用MIRA进行短读长数据的组装:
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安装MIRA:
- MIRA的安装通常需要下载并解压预编译的二进制文件,然后将其添加到系统路径中。具体步骤请参考MIRA的官方文档。
-
运行MIRA:
- 对于双端数据,创建一个名为
mira_config.txt
的配置文件,内容如下:
PROJECT = your_project_name SAMPLE = your_sample_name SETTING = denovo, small, normal, accurate TECHNOLOGY = illumina INPUT_TYPE = paired LIBRARY_TYPE = standard STRANDNESS = forward READ_GROUP_NAME = your_read_group_name FORWARD_READS = reads_1.fastq REVERSE_READS = reads_2.fastq OUTPUT_DIR = output_directory
然后运行以下命令:
mira --config mira_config.txt
- 对于单端数据,将配置文件中的
INPUT_TYPE
改为single
,并将REVERSE_READS
行删除,然后运行相同的命令。
- 对于双端数据,创建一个名为
-
分析结果:
- MIRA会在输出目录下生成多个文件,包括组装后的 contigs(scaffolds)以及其他一些中间文件和统计信息。
2. 病毒序列检测
初步鉴定
使用Kraken2或者Centrifuge等工具进行宿主去除和病毒序列的初步鉴定。