sceasy:单细胞数据格式转换工具
项目基础介绍和主要编程语言
sceasy 是一个开源的 R 语言包,旨在帮助用户轻松地将不同的单细胞数据格式相互转换。该项目托管在 GitHub 上,由 cellgeni 团队维护。sceasy 的主要编程语言是 R,并且它依赖于一些 Bioconductor 包和 Python 库来实现其功能。
项目核心功能
sceasy 的核心功能是提供一个简单易用的接口,用于在不同的单细胞数据格式之间进行转换。支持的格式包括:
- Seurat:一种常用的单细胞数据分析工具。
- SingleCellExperiment:Bioconductor 中的单细胞数据对象。
- AnnData:一种用于存储单细胞数据的 Python 格式,常用于 cellxgene 等工具。
- Loom:一种用于存储和共享单细胞数据的 HDF5 格式。
通过 sceasy,用户可以轻松地将这些格式相互转换,从而在不同的分析工具和平台之间无缝切换。
项目最近更新的功能
sceasy 最近更新的功能包括:
- 支持更多的数据格式转换:增加了对更多单细胞数据格式的支持,使得用户可以在更广泛的工具和平台之间进行数据转换。
- 性能优化:对转换过程进行了性能优化,减少了转换时间,提高了效率。
- 错误修复和稳定性改进:修复了之前版本中的一些错误,并改进了代码的稳定性,使得 sceasy 更加可靠。
通过这些更新,sceasy 进一步提升了其在单细胞数据分析领域的实用性和易用性。