sceasy体验

brief

sceasy is a package that helps easy conversion of different single-cell data formats to each other.
我的主要工作环境是R，现在想将rds文件转换为h5ad文件，h5ad文件作为cellxgene tools的输入。

github地址：https://github.com/cellgeni/sceasy

安装

conda install anndata -c bioconda

# 进入R环境
BiocManager::install("devtools")
devtools::install_github("cellgeni/sceasy")

# 依赖包，感觉不需要装
BiocManager::install(c("LoomExperiment", "SingleCellExperiment"))

install.packages('reticulate')

实例

library(sceasy)
library(reticulate)
use_condaenv('R4')  # use_condaenv('EnvironmentName') ,
# 注意我用conda为R做了隔离环境，rbase以及依赖包都在名为R4的conda env下，包括python
# use_condaenv('R4')  就是为了告诉 eticulate 桥接的python为 R4 env 下的python，而不是/usr/bin下的python或者其他地方的python

library(Seurat)
sce <- readRDS("/public/home/djs/huiyu/project/HY0007/PM-XS01KF2023090059/Seurat_object/planB_annotation_combind.rds")

# 因为我的Seurat版本是V5,和当前的sceasy不兼容，需要其他口令
# 报错如下：
# no slot of name "meta.features" for this object of class "Assay"
# 解决如下
sce[["RNA"]] <- as(sce[["RNA"]],"Assay")

# 然后将rds文件转为 h5ad文件
sceasy::convertFormat(sce, from="seurat", to="anndata",outFile='test.h5ad')
# h5ad文件已经写入当前工作目录了！

# h5ad文件转为rds文件
sceasy::convertFormat(h5ad_file, from="anndata", to="seurat",
                       outFile='filename.rds')