建模篇（下）力场快速设置-AuToFF+Moltemplate

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已于 2024-04-24 12:16:38 修改

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分类专栏：分子动力学—LAMMPS后处理及编程技巧 LAMMPS小技巧文章标签： Lammps 建模

于 2024-04-19 11:44:33 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/137957981

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本文详细介绍了使用AuToFF和Moltemplate在Lammps中进行力场设置的步骤，包括选择力场、生成结构、核对参数、下载文件、利用Moltemplate创建data文件。通过这两个工具，可以简化模型构建，尤其是处理无法直接下载Moltemplate文件的情况。

摘要由CSDN通过智能技术生成

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题目

一、AuToFF
1、选择需要的力场
2、画出分子单体并选择力场
3、生成结构并核对力场参数
4、下载对应的文件
二、采用Moltemplate生成data文件
1、针对分子结构可以下载Moltemplate对应的文件
2、针对分子结构无法下载Moltemplate对应的文件，只有Lammps的data文件
三、生成data文件的方法总结

建模篇（上）：OPLSAA力场参数之快速建模—MS+Moltemplate
建模篇（下）：力场快速设置-AoToFF+Moltemplate

一、AuToFF

（AuToFF 请点击）

1、选择需要的力场

在这里插入图片描述

2、画出分子单体并选择力场

在这里插入图片描述

3、生成结构并核对力场参数

$\color{red} 注意，有的时候这里力场无法识别出来，例如为 \rm UN$

在这里插入图片描述

4、下载对应的文件

$\color{red} 注意:$
1、有的分子结构可能没有对应的文件。
2、获得lammps的data文件可以用Moltemplate进行转化为Lt文件
在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

二、采用Moltemplate生成data文件

Moltemplate的好处就是只需要给出分子的原子坐标信息，以及bond的连接信息，软件自动产生角、二面角等信息，极大减少了模型的构建难度。

1、针对分子结构可以下载Moltemplate对应的文件

1）执行命令

moltemplate.sh system.lt

在这里插入图片描述

2）修改lt文件阵列结构

在这里插入图片描述

3）利用packmol获得结构

可以看到下载的文件中包含了packmol文件，可以利用packmodel生成结构

packmol<packmol.inp

在这里插入图片描述

2、针对分子结构无法下载Moltemplate对应的文件，只有Lammps的data文件

1）获得如下文件

在这里插入图片描述

2）利用Moltemplate生成lt文件

在这里插入图片描述

3）写出system.lt文件阵列结构

在这里插入图片描述

同样的可以得到data文件

在这里插入图片描述

三、生成data文件的方法总结

在Moltemplate的example中，给出了两种方法，1）如何从lammps的data文件转换到lt文件；2）如何根据PDB文件转换到data文件。

在这里插入图片描述

moltemplate.sh -atomstyle "full" system.lt

or

moltemplate.sh -xyz coords.xyz -atomstyle "full" -vmd system.lt

ltemplify.py -name MoleculeName -mol MolID INPUT_SCRIPT DATA_FILE > FILE.lt

$\color{red} 关于这一部分手册中也给出了详细解释，请见下文：$

在这里插入图片描述

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建模篇（下）力场快速设置-AuToFF+Moltemplate

题目

一、AuToFF

1、选择需要的力场

2、画出分子单体并选择力场

3、生成结构并核对力场参数

4、下载对应的文件

二、采用Moltemplate生成data文件

1、针对分子结构可以下载Moltemplate对应的文件

1）执行命令

2）修改lt文件阵列结构

3）利用packmol获得结构

2、针对分子结构无法下载Moltemplate对应的文件，只有Lammps的data文件

1） 获得如下文件

2） 利用Moltemplate生成lt文件

3）写出system.lt文件阵列结构

三、生成data文件的方法总结

1）获得如下文件

2）利用Moltemplate生成lt文件