FSL的python和R语言接口

最新推荐文章于 2024-06-25 16:57:44 发布
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分类专栏： MRI data 文章标签： FSL MRI
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本文链接：https://blog.csdn.net/happyhorizion/article/details/86223839
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本文介绍了FSL的Python库fslpy及其安装配置，包括依赖工具wxPython、indexed_gzip和trimesh/rtree。此外，还提到了FSL的R语言接口fslr，为MRI数据分析提供多语言支持。
摘要由CSDN通过智能技术生成

FSL除了本身支持shell命令调用以外, 还有一些其他语言的工具包.例如 python和R. fsl的python编程库称为fslpy, 是可视化工具FSLeyes的一部分.
fslpy目前支持python 3.5, 3.6 and 3.7开发环境.

FSL的python接口: fslpy

fslpy的项目网址是: https://git.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslpy

Dependencies配置

安装FSL的python版本之前, 先要安装一些依赖工具, 主要有三种: wxPython, indexed_gzip和

  • wxPython : 跨平台的python GUI工具
    项目网址:
    pip安装:pip install -f https://extras.wxpython.org/wxPython4/extras/linux/gtk2/ubuntu-16.04/ wxpython

  • indexed_gzip : 是一个读取NiFTI文件的工具.

项目网址: https://github.com/pauldmccarthy/indexed_gzip
pip安装: pip install indexed_gzip
conda-forge安装: conda install -c conda-forge indexed_gzip

  • trimesh/rtree :
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|~~~热爱生活、努力学习的小伙汁~~~|
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brainextractor：用Python重新实现FSL的大脑提取工具
02-16
脑提取器 FSL的Python脑提取工具的重新实现。 遵循以下算法： Smith SM. Fast robust automated brain extraction. Hum Brain Mapp. 2002 Nov;17(3):143-55. doi: 10.1002/hbm.10062. PMID: 12391568; PMCID: PMC6871816. 安装 要安装，只需使用pip安装此仓库： # install repo with pip pip install git+https://github.com/vanandrew/brainextractor@main # install from local copy pip install /path/to/local/repo 需要注意的是reccomended使用brainextractor Python的3.7+
python调用fsl预处理fMRI
weixin_46354421的博客
02-04 321
经过排查，发现是用os.system执行系统命令，如果该指令需要的时间较长，那么没等system执行完毕，python就会执行下一条代码，因为后面的代码需要用到前面的输出结果，所以就会报错。之前写了python脚本调用fsl的指令来进行对功能像和DTI的预处理，用的函数是os.system(cmd),结果脚本运行起来总会报路径错误，如下图所示。解决方法：改用subprocess来执行系统命令。
fsleyes使用自定义color map
最新发布
weixin_46354421的博客
06-25 164
colourmap的路径就在：~/soft/FSLeyes/share/FSLeyes/assets/colourmaps。今天在投射脑区结果的时候发现fsleyes自带的color map居然没有常用的jet，查阅资料后已解决。3、重新打开fsleyes，就可以选择新保存的jet了。2、将jet的cmap文件拷贝到上述路径中就完成啦。1、定位fsleyes的安装路径。备注：256代表256种颜色。我的系统是centos。
FSL+python的fMRI数据处理
xiuwenwubolo的博客
05-28 3495
不不不不太想用matlab写代码。。。。。。找了很久基于python的处理fMRI的包，找到了用起来总时出错。有兴趣可以看下fslpy。看了下源码其实就是把fsl的命令行用python封装的，而且功能上也是阉割版的。放fslpy包的源码： import fsl.utils.assertions as asrt from . import wrapperutils as wutils [docs] @wutils.fileOrImage('src', 'ref', 'out', 'wmseg',.
回答审稿人问题之前，如何变着花样的感谢审稿人
u014264373的博客
08-05 8539
正式回答问题前，对审稿人的礼貌不可少。 如何不重复的礼貌感谢审稿人提出的意见。 本文给出7个例子 Thanks for suggestion Thanks for comments Thank you for raising this issue Thank you for raising this insight question Thanks for raising this important issue Thanks to the reviewer for helpful comments Tha
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cocowang9672的博客
06-10 5904
最新ubuntu+fsl下载安装方法，下载超快！
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nvsirgn的博客
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xnat-cs-tutorial
05-01
这包括使用Python、R或其他编程语言来自动化数据处理流程，例如图像预处理、定量分析、机器学习模型的构建等。通过XNAT的API，可以实现数据的自动下载、处理结果的上传，甚至构建自定义的工作流。 4. **工作流程**...
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reticulate:R与Python的接口
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Python库 | fslpy-3.3.3.tar.gz
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python库。 资源全名：fslpy-3.3.3.tar.gz
Window环境下安装FSL
暗香浮动·月黄昏
07-09 2451
step. 1 安装虚拟机 VMware step. 2 打开FSLVm_64进行一些设置，并进行FSL（共约 2 GB），不过下载速度约在400KB左右。 3. 浏览某个文件夹的list，两种方式均可：（ls表显示文件夹内所有文件的list） overlay
FSL安装个人经验帖（Ubuntu18.04）——23年9月更新
manqiAC的博客
06-16 4867
个人安装FSL的经验帖，供参考
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08-08 1万+
python 与 R 是当今数据分析的两大主流语言。作为一个统计系的学生，我最早接触的是R，后来才接触的python。python是通用编程语言，科学计算、数据分析是其重要的组成部分，但并非全部；而R则更偏重于统计分析，毕竟R是统计学家发明的，本身就是为统计而生。python的优势在于其全能性，几乎所有的领域都有python的身影，而R则在统计及其相关领域非常专业。二者各有优势。那么这么好的两个东...
安装R语言及R与python接口Rpy
gabriel_0113的专栏
12-20 2091
安装R，现在R已经集成，用apt-get install语句即可，当然，需要管理员权限 sudo apt-get install r-base 该语句将完整的安装R语言包，如需与python联动需安装r-dev sudo apt-get install r-dev 安装rpy sudo apt-get python-rpy2 检测是否成功 $ python >>>
超级简单的虚拟机（Python 实现）
Python高效编程
09-01 7750
我们这次实现的简单虚拟机，和计算机的 cpu 有点类似。无非就是取指令，执行指令之类的操作。 常见的虚拟机通常分为两类，一种是栈式虚拟机，另一种是寄存器虚拟机。比如说 CPython, Jvm 就是基于栈的虚拟机，而 lua 则是基于寄存器的虚拟机。 我们这次实现的“玩具”虚拟机，就是一种基于栈的虚拟机。 虚拟机有三个重要属性，code 代表要执行的指令列表，stack 用于保存临时变...
双系统/虚拟机VMware Ubuntu 脑神经软件安装记录（FSL, MRtrix，MRIcron，SPM12)
weixin_46283523的博客
08-05 3123
0基础脑神经软件安装记录（FSL, MRtrix)，文章以安装过程、问题记录为主。以便日后查找，欢迎交流沟通。
python fsl
07-30
FSL除了支持shell命令调用外，还有一些其他语言的工具包，其中包括Python。FSL的Python编程库称为fslpy，它是可视化工具FSLeyes的一部分。fslpy目前支持Python 3.5、3.6和3.7开发环境。所以，如果你想在Python中使用FSL，你可以使用fslpy这个Python接口。[1] 另外，如果你需要在Python中创建跨平台的GUI工具，你可以考虑使用wxPython。wxPython是一个跨平台的Python GUI工具，你可以通过pip安装它。安装命令是：pip install -f https://extras.wxpython.org/wxPython4/extras/linux/gtk2/ubuntu-16.04/ wxpython。[2] 需要注意的是，FSL的安装脚本是用Python2写的，而新版本的Ubuntu（16以后）默认情况下没有安装Python2。如果你在终端输入python时提示没有相应的命令，那么你需要先安装Python2。安装命令是：sudo apt install python。[3]
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